Chapitre 10 • Prédictions de structures secondaires
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La règle de prédiction des hélices est que tout segment de 6 acides aminés (ou plus)
avec un P m ≥ 1,03 et P m P m satisfaisant les conditions est prédit comme une
hélice . Pour la formation des brins, les conditions à satisfaire sont une amorce de
nucléation de brins qui nécessite 3 acides aminés consécutifs parmi 5 qui sont h ou
H. La propagation du brin se fait des deux côtés de l’amorce par tetrapeptide et est
arrêtée par la liste des peptides suivants : b4, b3i, b3h, b2i2, b2ih, b2h2, bi3, bi2h,
bih2. Le brin complet doit avoir plus de la moitié d’acides aminés favorable et moins
de 1/3 de défavorable.
La règle de prédiction des brins est que tout segment de 5 acides aminés (ou plus)
avec un P m ≥ 1,05 et P m > Pm satisfaisant les conditions est prédit comme un
brin . Lorsque ces deux phases sont terminées, l’élimination des zones chevauchantes est réalisée de la façon suivante :
a) Calculer les Pm et les Pm
sur la zone chevauchante :
– si P m P m
alors hélice ;
– si P m > P m
alors brin .
b) Comparer les préférences conformationnelles (H, h, I, i, b, B).
c) Faire une analyse des limites (hélices et brins).
d) Autres critères subjectifs.
Lorsque cette étape est terminée, les coudes sont prédits uniquement dans les
zones ni en hélice ni en brin.
a) Examiner la zone par tetrapeptide avec : P m < P m T > P m
b) Vérifier si PmT > 1,00.
c) Enfin calculer à parti des tables de fréquences de la figure 10.3 des acides
aminés dans les coudes FT(i) x FT(i +1) x FT(i +2) x FT(i+3) ≥ 0,55 10
- 4
.
Cette méthode due à Chou et Fasman a connu un succès immense du fait qu’à
l’époque, il s’agissait d’une méthode manuelle et utilisable par les biologistes.
Cependant, cette méthode n’est pas reproductible du fait de l’imprécision des règles
d’utilisation de certaines tables (non données ici) et présente une qualité prédictive
assez moyenne (52 % d’acides aminés préd
état conformationnel
its dans le même
que celui déduit de la structure expérimentale). En comparant avec une base de
données de référence, la qualité de prédiction peut se calculer sur une séquence ou
sur un ensemble de séquences (voir paragraphe 10.8).
Une amélioration portant à 61,3 % la qualité de prédiction a été la combinaison
dans DPM (Double Prediction Method) de la méthode de Chou et Fasman avec une
méthode de prédiction de la classe structurale d’après la composition en acides aminés.
Figure 10.3 – Les quatre positions d’un coude.
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La règle de prédiction des hélices est que tout segment de 6 acides aminés (ou plus)
avec un P m ≥ 1,03 et P m P m satisfaisant les conditions est prédit comme une
hélice . Pour la formation des brins, les conditions à satisfaire sont une amorce de
nucléation de brins qui nécessite 3 acides aminés consécutifs parmi 5 qui sont h ou
H. La propagation du brin se fait des deux côtés de l’amorce par tetrapeptide et est
arrêtée par la liste des peptides suivants : b4, b3i, b3h, b2i2, b2ih, b2h2, bi3, bi2h,
bih2. Le brin complet doit avoir plus de la moitié d’acides aminés favorable et moins
de 1/3 de défavorable.
La règle de prédiction des brins est que tout segment de 5 acides aminés (ou plus)
avec un P m ≥ 1,05 et P m > Pm satisfaisant les conditions est prédit comme un
brin . Lorsque ces deux phases sont terminées, l’élimination des zones chevauchantes est réalisée de la façon suivante :
a) Calculer les Pm et les Pm
sur la zone chevauchante :
– si P m P m
alors hélice ;
– si P m > P m
alors brin .
b) Comparer les préférences conformationnelles (H, h, I, i, b, B).
c) Faire une analyse des limites (hélices et brins).
d) Autres critères subjectifs.
Lorsque cette étape est terminée, les coudes sont prédits uniquement dans les
zones ni en hélice ni en brin.
a) Examiner la zone par tetrapeptide avec : P m < P m T > P m
b) Vérifier si PmT > 1,00.
c) Enfin calculer à parti des tables de fréquences de la figure 10.3 des acides
aminés dans les coudes FT(i) x FT(i +1) x FT(i +2) x FT(i+3) ≥ 0,55 10
- 4
.
Cette méthode due à Chou et Fasman a connu un succès immense du fait qu’à
l’époque, il s’agissait d’une méthode manuelle et utilisable par les biologistes.
Cependant, cette méthode n’est pas reproductible du fait de l’imprécision des règles
d’utilisation de certaines tables (non données ici) et présente une qualité prédictive
assez moyenne (52 % d’acides aminés préd
état conformationnel
its dans le même
que celui déduit de la structure expérimentale). En comparant avec une base de
données de référence, la qualité de prédiction peut se calculer sur une séquence ou
sur un ensemble de séquences (voir paragraphe 10.8).
Une amélioration portant à 61,3 % la qualité de prédiction a été la combinaison
dans DPM (Double Prediction Method) de la méthode de Chou et Fasman avec une
méthode de prédiction de la classe structurale d’après la composition en acides aminés.
Figure 10.3 – Les quatre positions d’un coude.