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10.1 • Méthode « statistique empirique »
À partir de la table précédente, les paramètres P pour les structures peuvent être
calculés :
soit :
Des moyennes P m peuvent être calculées sur des segments en utilisant les paramètres du tableau 10.2. La prédiction est hiérarchisée (les hélices, les brins et les
coudes). Pour la formation des hélices, les conditions à satisfaire sont une amorce de
nucléation d’hélice qui nécessite 4 acides aminés consécutifs parmi 6 qui sont h ou
H. La propagation de l’hélice se fait des deux côtés de l’amorce par tetrapeptide et
est arrêtée par la liste des peptides suivants : b4, b3i, b3h, b2i2, b2ih, b2h2, bi3, bi2h,
bih2. L’hélice complète doit avoir plus de la moitié d’acides aminés favorable et
moins de 1/3 de défavorable.
Tableau 10.2 – Paramètres et préférences conformationnelles.
AA
AA
P
Préférences

P
Préférences
Glu
1,51
H
Val
1,70
H
Met
1,45
H

Ile
1,60
H
Ala
1,42
H
Tyr
1,47
H
Leu
1,21
H
Phe
1,38
h
Lys+
1,16
h
Trp
1,37
h
Phe
1,13
h
Leu
1,30
h
Gln
1,11
h
Cys
1,19
h
Trp
1,08
h
Thr
1,19
h
Ile
1,08
h
Gln
1,10
h
Val
1,06
h
Met
1,05
h
Asp1,01
I
Arg+
0,93
i
His+
1,00
I

Asn
0,89
i
Arg+
0,98
i
His+
0,87
i


Thr
0,83
i 
Ala
0,83
i
Ser
0,77
i 
Ser
0,75
b
Cys
0,70
i 
Gly
0,75
b
Tyr
0,69
b
Lys+
0,74
b
Asn
0,67
b
Pro
0,55
B
Pro
0,57
B
Asp0,54
B
Gly
0,57
B
Glu0,37
B
Préférences : H très favorable, h favorable, I indifférent fort, i indifférent faible,
b défavorable, B très défavorable.
P ala


N Ala

/NAla
N i
 /Nt
i 1
=
20

------------------------------------- -
=
P ala


234
434
-------- -
1798
4741
----------- -
----------- -
1,42
=
=