Chapitre 10 • Prédictions de structures secondaires
120
Si le chemin de repliement était unique et totalement déterminé, le terrain présenterait une gorge sinueuse qui mènerait au trou de manière certaine une fois que la
balle est tombée dans cette gorge. Dans la représentation actuelle, le terrain de golf
(ou le paysage énergétique) est globalement un entonnoir avec un fond évasé mais
accidenté suggérant que plusieurs chemins conduisent au trou dans un temps
variable en fonction du parcours suivi.
10.1 MÉTHODE
EMPIRIQUE
« STATISTIQUE
»
Les premières approches (dans les années 1980) sont statistiques. À partir de l’observation de l’ensemble des structures 3D expérimentalement déterminées par cristallographie, une table d’occurrence des 20 acides aminés a été établie pour les hélices et
les brins. Cette table a été la première évaluation quantitative d’observation qualitative
sur la teneur des acides aminés et leur propension à favoriser les structures secondaires.
La table suivante montre que dans cet échantillon le taux d’hélice est de 38 %, celui
de brin de 20 %. Aujourd’hui on considère que la teneur moyenne de la PDB non
redondante est voisine de 30 % d’hélice et de 20 % de brins.
Tableau 10.1 – Occurrences des acides aminés dans les différentes structures.
N
Brin
Total
Hélice
Apériodique
Coude
Ala
434
234
71
129
85
Arg+
142
53
26
63
40
Asn
230
40
58
132
106
Asp273
105
29
139
118
Cys
94
25
22
47
33
Gln
162
68
35
59
47
Glu234
134
17
83
51
Gly
422
91
62
269
194
His
129
49
22
58
36
Ile
233
95
73
65
32
Leu
358
164
91
103
62
Lys
347
153
50
144
103
Met
73
40
15
18
13
Phe
170
73
46
51
30
Pro
176
38
19
119
79
Ser
367
107
54
206
155
Thr
278
87
65
126
79
Trp
78
32
21
25
22
Tyr
184
48
53
83
62
Val
357
144
119
94
53
Total (Nt)
4 741
1 798
930
2 013
1 400
Fréquences
0,38
0,20
0,42
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Si le chemin de repliement était unique et totalement déterminé, le terrain présenterait une gorge sinueuse qui mènerait au trou de manière certaine une fois que la
balle est tombée dans cette gorge. Dans la représentation actuelle, le terrain de golf
(ou le paysage énergétique) est globalement un entonnoir avec un fond évasé mais
accidenté suggérant que plusieurs chemins conduisent au trou dans un temps
variable en fonction du parcours suivi.
10.1 MÉTHODE
EMPIRIQUE
« STATISTIQUE
»
Les premières approches (dans les années 1980) sont statistiques. À partir de l’observation de l’ensemble des structures 3D expérimentalement déterminées par cristallographie, une table d’occurrence des 20 acides aminés a été établie pour les hélices et
les brins. Cette table a été la première évaluation quantitative d’observation qualitative
sur la teneur des acides aminés et leur propension à favoriser les structures secondaires.
La table suivante montre que dans cet échantillon le taux d’hélice est de 38 %, celui
de brin de 20 %. Aujourd’hui on considère que la teneur moyenne de la PDB non
redondante est voisine de 30 % d’hélice et de 20 % de brins.
Tableau 10.1 – Occurrences des acides aminés dans les différentes structures.
N
Brin
Total
Hélice
Apériodique
Coude
Ala
434
234
71
129
85
Arg+
142
53
26
63
40
Asn
230
40
58
132
106
Asp273
105
29
139
118
Cys
94
25
22
47
33
Gln
162
68
35
59
47
Glu234
134
17
83
51
Gly
422
91
62
269
194
His
129
49
22
58
36
Ile
233
95
73
65
32
Leu
358
164
91
103
62
Lys
347
153
50
144
103
Met
73
40
15
18
13
Phe
170
73
46
51
30
Pro
176
38
19
119
79
Ser
367
107
54
206
155
Thr
278
87
65
126
79
Trp
78
32
21
25
22
Tyr
184
48
53
83
62
Val
357
144
119
94
53
Total (Nt)
4 741
1 798
930
2 013
1 400
Fréquences
0,38
0,20
0,42