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10.2 • Méthode information directionnelle (GOR)
La dernière méthode statistique décrite est DSC (Discrimination of secondary Structure
Class) qui utilise des paramètres physico-chimiques et qui obtient une qualité de 68,5 %.
10.2 MÉTHODE INFORMATION DIRECTIONNELLE (GOR)
Cette méthode a été développ
inconvénient de
ée pour pallier l’
subjectivité de la
méthode de Chou et Fasman et les auteurs (Garnier, Osguthorpe et Robson) ont mis
au point la méthode GOR complètement automatique et donc facile à implémenter.
La théorie de l’information a été utilisée afin de s’affranchir de la taille très réduite de
l’échantillon de la base de données de référence. De manière simpliste, à partir d’un
échantillon de petite taille, la théorie de l’information permet d’obtenir des paramètres qui pourront être utilisés sur un échantillon de taille plus importante sans perte
notoire de qualité. Ainsi, l’idée est de mesurer l’influence que possède un résidu quelconque sur la conformation de tous les autres résidus de la séquence au moyen de
l’équation suivante :
dans laquelle k désigne un état conformationnel, P(k/i) est la probabilité d’avoir l’état
k sachant que l’acide aminé est i et P(k) est la probabilité d’avoir l’état k. En pratique,
ces influences I(k, i) ne sont significativement et statistiquement mesurables (I(k,i) ≠ 0)
que sur une distance j de 8 résidus de part et d’autre du résidu i. En conséquence,
Tableau 10.3 – Paramètres pour les coudes et fréquences d’observation des acides
aminés aux quatre positions d’un coude.
PT
F i
Fi +1
Fi +2
Fi +3
Asn
1,56
Asn
0,161
Pro
0,301
Asn
0,191
Trp
0,167
Gly
1,56
Cys
0,149
Ser
0,190
Gly
0,190
Gly
0,152
Pro
1,52
Asp
0,147
Lys
0,115
Asp
0,179
Cys
0,128
Asp
1,46
His
0,140
Asp
0,110
Ser
0,125
Tyr
0,125
Ser
1,43
Ser
0,120
Thr
0,108
Cys
0,117
Ser
0,106
Cys
1,19
Pro
0,102
Arg
0,106
Tyr
0,114
Gln
0,098
Tyr
1,14
Gly
0,102
Gln
0,098
Arg
0,099
Lys
0,095
Lys
1,01
Thr
0,086
Gly
0,085
His
0,093
Asn
0,091
Gln
0,98
Tyr
0,082
Asn
0,083
Glu
0,077
Arg
0,085
Thr
0,96
Trp
0,077
Met
0,082
Lys
0,072
Asp
0,081
Trp
0,96
Gln
0,074
Ala
0,076
Thr
0,065
Thr
0,079
Arg
0,95
Arg
0,070
Tyr
0,065
Phe
0,065
Leu
0,070
His
0,95
Met
0,068
Glu
0,060
Trp
0,064
Pro
0,068
Glu
0,74
Val
0,062
Cys
0,053
Gln
0,037
Phe
0,065
Ala
0,66
Leu
0,061
Val
0,048
Leu
0,036
Glu
0,064
Met
0,60
Ala
0,060
His
0,047
Ala
0,035
Ala
0,058
Phe
0,60
Phe
0,059
Phe
0,041
Pro
0,034
Ile
0,056
Leu
0,59
Glu
0,056
Ile
0,034
Val
0,028
Met
0,055
Val
0,50
Lys
0,055
Leu
0,025
Met
0,014
His
0,054
Ile
0,47
Ile
0,043
Trp
0,013
Ile
0,013
Val
0,053
I k i
ln
P k/i
P k
-------------- -
=
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10.2 • Méthode information directionnelle (GOR)
La dernière méthode statistique décrite est DSC (Discrimination of secondary Structure
Class) qui utilise des paramètres physico-chimiques et qui obtient une qualité de 68,5 %.
10.2 MÉTHODE INFORMATION DIRECTIONNELLE (GOR)
Cette méthode a été développ
inconvénient de
ée pour pallier l’
subjectivité de la
méthode de Chou et Fasman et les auteurs (Garnier, Osguthorpe et Robson) ont mis
au point la méthode GOR complètement automatique et donc facile à implémenter.
La théorie de l’information a été utilisée afin de s’affranchir de la taille très réduite de
l’échantillon de la base de données de référence. De manière simpliste, à partir d’un
échantillon de petite taille, la théorie de l’information permet d’obtenir des paramètres qui pourront être utilisés sur un échantillon de taille plus importante sans perte
notoire de qualité. Ainsi, l’idée est de mesurer l’influence que possède un résidu quelconque sur la conformation de tous les autres résidus de la séquence au moyen de
l’équation suivante :
dans laquelle k désigne un état conformationnel, P(k/i) est la probabilité d’avoir l’état
k sachant que l’acide aminé est i et P(k) est la probabilité d’avoir l’état k. En pratique,
ces influences I(k, i) ne sont significativement et statistiquement mesurables (I(k,i) ≠ 0)
que sur une distance j de 8 résidus de part et d’autre du résidu i. En conséquence,
Tableau 10.3 – Paramètres pour les coudes et fréquences d’observation des acides
aminés aux quatre positions d’un coude.
PT
F i
Fi +1
Fi +2
Fi +3
Asn
1,56
Asn
0,161
Pro
0,301
Asn
0,191
Trp
0,167
Gly
1,56
Cys
0,149
Ser
0,190
Gly
0,190
Gly
0,152
Pro
1,52
Asp
0,147
Lys
0,115
Asp
0,179
Cys
0,128
Asp
1,46
His
0,140
Asp
0,110
Ser
0,125
Tyr
0,125
Ser
1,43
Ser
0,120
Thr
0,108
Cys
0,117
Ser
0,106
Cys
1,19
Pro
0,102
Arg
0,106
Tyr
0,114
Gln
0,098
Tyr
1,14
Gly
0,102
Gln
0,098
Arg
0,099
Lys
0,095
Lys
1,01
Thr
0,086
Gly
0,085
His
0,093
Asn
0,091
Gln
0,98
Tyr
0,082
Asn
0,083
Glu
0,077
Arg
0,085
Thr
0,96
Trp
0,077
Met
0,082
Lys
0,072
Asp
0,081
Trp
0,96
Gln
0,074
Ala
0,076
Thr
0,065
Thr
0,079
Arg
0,95
Arg
0,070
Tyr
0,065
Phe
0,065
Leu
0,070
His
0,95
Met
0,068
Glu
0,060
Trp
0,064
Pro
0,068
Glu
0,74
Val
0,062
Cys
0,053
Gln
0,037
Phe
0,065
Ala
0,66
Leu
0,061
Val
0,048
Leu
0,036
Glu
0,064
Met
0,60
Ala
0,060
His
0,047
Ala
0,035
Ala
0,058
Phe
0,60
Phe
0,059
Phe
0,041
Pro
0,034
Ile
0,056
Leu
0,59
Glu
0,056
Ile
0,034
Val
0,028
Met
0,055
Val
0,50
Lys
0,055
Leu
0,025
Met
0,014
His
0,054
Ile
0,47
Ile
0,043
Trp
0,013
Ile
0,013
Val
0,053
I k i
ln
P k/i
P k
-------------- -
=