Chapitre 8 • Recherche de fonctions
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Malgré la puissance de cet algorithme, la croissance des banques est telle que les
signatures ont tendance à être de plus en plus dégénérées et donc de moins en moins
spécifiques. Dès lors, une autre méthode a été développée reposant sur les profils.
8.4 MÉTHODES À BASE DE PROFILS
Un profil ou matrice de poids est une table de valeurs par position d’acides aminés
issues d’un alignement de protéines apparentées. Ces valeurs sont utilisées pour
calculer un score de similitude pour n’importe quel alignement entre un profil et une
séquence. Un alignement avec un score de similitude supérieur ou égal à un seuil
représente une occurrence. Ainsi, les blocs de conservation sans gap issus d’alignements de famille de protéines sont construits. Le bloc suivant est une entrée de la
base BLOCKS.DAT due à Henikoff.
ID
ATPASE_ALPHA_BETA; BLOCK
AC
BL00152B; distance from previous block=(26,29)
DE
ATP synthase alpha and beta subunits proteins.
BL
DGT motif; width=42; seqs=78; 99.5%=873; strength=2546
FLII_BACSU ( 142) EKMGVGVRSIDSLLTVGKGQRIGIFAGSGVGKSTLMGMIAKQ
FLII_SALTY ( 157) HVLDTGVRAINALLTVGRGQRMGLFAGSGVGKSVLLGMMARY
ATP0_BETVU ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_BOVIN ( 187) EPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIIN
ATP0_BRANA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELLIGDRQTGKTTIAIDTILN
ATP0_HELAN ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_MAIZE ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_MARPO ( 145) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_NICPL ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_OENBI ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_ORYSA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_PEA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_PHAVU ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_RAPSA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELLIGDRQTGKTTIAIDTILN
ATP0_SOYBN ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_WHEAT ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATPA_ANTSP ( 147) EPLQTGITAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTTVALDTIIN
ATPA_CHLRE ( 145) EPLATGLVAVDAMIPVGRGQRELIIGDRQTGKTAIAVDTILN
ATPA_ECOLI ( 144) QPVQTGYKAVDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTALAIDAIIN
ATPA_EUGGR ( 145) EPLQTGLIAIDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_GALSU ( 145) EPLQTGITAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIALDTIIN
ATPA_HUMAN ( 187) EPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIIN
ATPA_MAIZE ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_MARPO ( 145) EPMQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVAIDTILN
ATPA_MOUSE ( 187) EPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIIN
ATPA_ODOSI ( 145) EPLQTGITSIDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAVDTIIN
ATPA_ORYSA ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_PEA ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_PROMO ( 144) EPLQTGIKSIDGMVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDAIIN
ATPA_RHOBL ( 144) EPMATGLKAVDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILN
ATPA_SCHPO ( 172) EPMQTGLKAIDSMVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIALDTILN
ATPA_SPIOL ( 145) EPLQTGLIAIDAMIPVGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_SYNP6 ( 145) EPMQTGITAIDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATPA_THEP3 ( 144) EPLQTGIKAIDALVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSVAIDTIIN
ATPA_TOBAC ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
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Malgré la puissance de cet algorithme, la croissance des banques est telle que les
signatures ont tendance à être de plus en plus dégénérées et donc de moins en moins
spécifiques. Dès lors, une autre méthode a été développée reposant sur les profils.
8.4 MÉTHODES À BASE DE PROFILS
Un profil ou matrice de poids est une table de valeurs par position d’acides aminés
issues d’un alignement de protéines apparentées. Ces valeurs sont utilisées pour
calculer un score de similitude pour n’importe quel alignement entre un profil et une
séquence. Un alignement avec un score de similitude supérieur ou égal à un seuil
représente une occurrence. Ainsi, les blocs de conservation sans gap issus d’alignements de famille de protéines sont construits. Le bloc suivant est une entrée de la
base BLOCKS.DAT due à Henikoff.
ID
ATPASE_ALPHA_BETA; BLOCK
AC
BL00152B; distance from previous block=(26,29)
DE
ATP synthase alpha and beta subunits proteins.
BL
DGT motif; width=42; seqs=78; 99.5%=873; strength=2546
FLII_BACSU ( 142) EKMGVGVRSIDSLLTVGKGQRIGIFAGSGVGKSTLMGMIAKQ
FLII_SALTY ( 157) HVLDTGVRAINALLTVGRGQRMGLFAGSGVGKSVLLGMMARY
ATP0_BETVU ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_BOVIN ( 187) EPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIIN
ATP0_BRANA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELLIGDRQTGKTTIAIDTILN
ATP0_HELAN ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_MAIZE ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_MARPO ( 145) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_NICPL ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_OENBI ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_ORYSA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_PEA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_PHAVU ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_RAPSA ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELLIGDRQTGKTTIAIDTILN
ATP0_SOYBN ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATP0_WHEAT ( 146) EPMQTGLKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATPA_ANTSP ( 147) EPLQTGITAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTTVALDTIIN
ATPA_CHLRE ( 145) EPLATGLVAVDAMIPVGRGQRELIIGDRQTGKTAIAVDTILN
ATPA_ECOLI ( 144) QPVQTGYKAVDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTALAIDAIIN
ATPA_EUGGR ( 145) EPLQTGLIAIDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_GALSU ( 145) EPLQTGITAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIALDTIIN
ATPA_HUMAN ( 187) EPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIIN
ATPA_MAIZE ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_MARPO ( 145) EPMQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVAIDTILN
ATPA_MOUSE ( 187) EPMQTGIKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIIN
ATPA_ODOSI ( 145) EPLQTGITSIDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAVDTIIN
ATPA_ORYSA ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_PEA ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_PROMO ( 144) EPLQTGIKSIDGMVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDAIIN
ATPA_RHOBL ( 144) EPMATGLKAVDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILN
ATPA_SCHPO ( 172) EPMQTGLKAIDSMVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIALDTILN
ATPA_SPIOL ( 145) EPLQTGLIAIDAMIPVGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN
ATPA_SYNP6 ( 145) EPMQTGITAIDAMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTILN
ATPA_THEP3 ( 144) EPLQTGIKAIDALVPIGRGQRELIIGDRQTGKTSVAIDTIIN
ATPA_TOBAC ( 145) EPLQTGLIAIDSMIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILN