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8.3 • Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
Comparaison des deux méthodes. Une recherche de cette signature à 80 % avec un
algorithme sans pondération autorisera une erreur à n’importe quelle position puisque
la pénalisation pour une erreur est uniformément égale à 16,7 %. Une recherche dans
une banque comme UniProtKB fournira plus de 100 000 occurrences pour lesquelles
l’erreur porte le plus souvent sur une des deux positions strictes. Avec un algorithme
à pondération, une recherche à 80 % (comme PattInProt disponible sur le serveur
NPS@ à l’adresse
) autorise
http://npsa-pbil.ibcp.
ot.html
fr/NPSA/npsa_pattinpr
jusqu’à deux erreurs. La recherche dans une banque comme UniProtKB fournira seulement 7 386 occurrences (en octobre 2012) pour lesquelles les deux positions strictes
sont toujours conservées. Le rapport signal/bruit a donc été considérablement amélioré.
Figure 8.5 – Plages de scores autorisées.
Dans la méthode à pénalité fixe, le seuil pour les scores est fixe et égal à (ainsi toute
séquence ayant un score > sera une occurrence) alors que dans l’algorithme pondéré, la plage
de variation autorisée pour les scores est comprise entre Sc0 (le score initial) et ScSeuil.
Figure 8.6 – Utilisation du serveur NPS@ pour rechercher une signature.
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8.3 • Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
Comparaison des deux méthodes. Une recherche de cette signature à 80 % avec un
algorithme sans pondération autorisera une erreur à n’importe quelle position puisque
la pénalisation pour une erreur est uniformément égale à 16,7 %. Une recherche dans
une banque comme UniProtKB fournira plus de 100 000 occurrences pour lesquelles
l’erreur porte le plus souvent sur une des deux positions strictes. Avec un algorithme
à pondération, une recherche à 80 % (comme PattInProt disponible sur le serveur
NPS@ à l’adresse
) autorise
http://npsa-pbil.ibcp.
ot.html
fr/NPSA/npsa_pattinpr
jusqu’à deux erreurs. La recherche dans une banque comme UniProtKB fournira seulement 7 386 occurrences (en octobre 2012) pour lesquelles les deux positions strictes
sont toujours conservées. Le rapport signal/bruit a donc été considérablement amélioré.
Figure 8.5 – Plages de scores autorisées.
Dans la méthode à pénalité fixe, le seuil pour les scores est fixe et égal à (ainsi toute
séquence ayant un score > sera une occurrence) alors que dans l’algorithme pondéré, la plage
de variation autorisée pour les scores est comprise entre Sc0 (le score initial) et ScSeuil.
Figure 8.6 – Utilisation du serveur NPS@ pour rechercher une signature.