Chapitre 8 • Recherche de fonctions
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Description de l’algorithme à pondération :
Calcul de la pondération par position.
La pondération d’une position j est :
F(i) est la fréquence dans Swiss-Prot de chacun des i acides aminés autorisés à
cette position.
Ainsi P(1) = F(L)+F(I)+F(V)+ F(A)
Supposons que les P(j) calculés soient :
P 1 = 0,289
P 2 = 0,268
P 3 = 0,200
P 4 = 0,022
P 5 = 0,044
P 6 = 0,147
Un score est initialisé avec la valeur de Sc0 :
Ici Sc0 = 2,27.10
–6
Si une position j est satisfaite :
alors
Sc(
(
j) = Sc j – 1)
sinon
Un score seuil est défini : Sc seuil = 10 . log Sc0 soit 3,05.10
–5
avec  = 0,8.
Pour un segment donné, le score ( ) doit toujours être inférieur à SC
j
seuil .
Exemple 1 du segment souligné suivant : AYITGFRP
LCVHNS…
LVTINS
Sc0 = Sc(1) = Sc(2) = Sc(3) car les trois premières positions sont satisfaites.
Pour la position 4 : Sc(4) = Sc(3)/P 4 soit 10
–4
Le segment LVTINS est invalidé car Sc(4) > Sc seuil . L’erreur porte sur une position stricte.
Exemple 2 du segment souligné suivant : AYITGFRPLVTINSLCVHNS…
Sc0 = Sc(1) Sc(2) = Sc(1)/P 2 soit 8,5.10
–6
Le segment LCVHNS est validé car Sc1 < Sc seuil . L’erreur porte sur une position floue.
La différence de comportement entre un algorithme utilisant une pénalité
uniforme ou pondérée est illustrée sur la figure suivante :
Sc0
P j
 
j 1
=
L

=
Sc j
 
Sc j 1
–


=
Sc j
 
Sc j 1
–


P j
 
--------------------=
P j
 
F i
 
i 1
=
N

=