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8.3 • Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
Serine proteases, trypsin family, histidine active site PS00134
[LIVM]-[ST]-A-[STAG]-H-C
-------------------------------------------------------------Site :
143 to
148 LTAGHC
Observed frequency: 1.14 10-8
-------------------------------------------------------------Serine proteases, trypsin family, serine active site PS00135
[DNSTAGC]-[GSTAPIMVQH]-x(2)-G-[DE]-S-G-[GS]-[SAPHV]-[LIVMFYWH]
------------------------------------------------------------Site :
249 to
260 CAEPGDSGGPL
Observed frequency: 3.11 10-13
Une autre utilisation de signatures est d’identifier dans une banque quelles sont
les séquences qui présentent une (ou plusieurs) signature(s) donnée(s). Dans ce cas,
l’utilisation successive de différentes signatures permettra d’identifier les signatures
quel que soit l’ordre de leur apparition dans les séquences (cas de d’inversion
d’ordre des signatures). Ces inversions sont fréquentes dans les protéines (par
exemple les kinases ou les protéines de la matrice extracellulaires ou bien dans les
protéases à sérine) et rendent les comparaisons de séquence inapropriées.
Les algorithmes de comparaison de séquences ne sont pas adaptés en cas d’évolution convergente des protéines. Dans ce cas, la recherche de signatures successives est préférable pour identifier l’ensemble des protéines qui possèdent la
même fonction.
8.3 RECHERCHE DE FONCTION AVEC PONDÉRATION
PAR
FRÉQUENCE
LA
Dans certaines implémentations, l’utilisateur peut autoriser des erreurs ou fixer le
% d’identité acceptable pour définir une occurrence. Dans ce dernier cas, il est
primordial de favoriser les erreurs sur les positions les plus floues de la signature et
au contraire de favoriser la conservation des positions les plus strictes (dont on peut
penser qu’elles sont biologiquement importantes). Pour cela, une pondération
variable fonction de la stringence de chaque position est introduite pour chaque position non satisfaite de la manière suivante :
Soit la signature de longueur L d’épissage des protéines telle que définie dans
PROSITE.
[LIVA]-[LIVMY]-[VAT]-H-N-[STC]
Figure 8.4 – Importance de l’ordre d’apparition des signatures/motifs.
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8.3 • Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
Serine proteases, trypsin family, histidine active site PS00134
[LIVM]-[ST]-A-[STAG]-H-C
-------------------------------------------------------------Site :
143 to
148 LTAGHC
Observed frequency: 1.14 10-8
-------------------------------------------------------------Serine proteases, trypsin family, serine active site PS00135
[DNSTAGC]-[GSTAPIMVQH]-x(2)-G-[DE]-S-G-[GS]-[SAPHV]-[LIVMFYWH]
------------------------------------------------------------Site :
249 to
260 CAEPGDSGGPL
Observed frequency: 3.11 10-13
Une autre utilisation de signatures est d’identifier dans une banque quelles sont
les séquences qui présentent une (ou plusieurs) signature(s) donnée(s). Dans ce cas,
l’utilisation successive de différentes signatures permettra d’identifier les signatures
quel que soit l’ordre de leur apparition dans les séquences (cas de d’inversion
d’ordre des signatures). Ces inversions sont fréquentes dans les protéines (par
exemple les kinases ou les protéines de la matrice extracellulaires ou bien dans les
protéases à sérine) et rendent les comparaisons de séquence inapropriées.
Les algorithmes de comparaison de séquences ne sont pas adaptés en cas d’évolution convergente des protéines. Dans ce cas, la recherche de signatures successives est préférable pour identifier l’ensemble des protéines qui possèdent la
même fonction.
8.3 RECHERCHE DE FONCTION AVEC PONDÉRATION
PAR
FRÉQUENCE
LA
Dans certaines implémentations, l’utilisateur peut autoriser des erreurs ou fixer le
% d’identité acceptable pour définir une occurrence. Dans ce dernier cas, il est
primordial de favoriser les erreurs sur les positions les plus floues de la signature et
au contraire de favoriser la conservation des positions les plus strictes (dont on peut
penser qu’elles sont biologiquement importantes). Pour cela, une pondération
variable fonction de la stringence de chaque position est introduite pour chaque position non satisfaite de la manière suivante :
Soit la signature de longueur L d’épissage des protéines telle que définie dans
PROSITE.
[LIVA]-[LIVMY]-[VAT]-H-N-[STC]
Figure 8.4 – Importance de l’ordre d’apparition des signatures/motifs.