Chapitre 8 • Recherche de fonctions
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Exemple de fichier résultat montrant que PRTB_STRGR est une protéase
à sérine (S et H sont identifiés)
Protein PRTRB_STRGR using C:\PROSITE.DAT as reference site file
Similarity percentage 100 Number of mismatch allowed 0
------------------------------------------------------------N-glycosylation site PS00001
N-{P}-[ST]-{P}
------------------------------------------------------------Site :
8 to
11 NRSN
Observed frequency: 6.08 10-6
Site :
185 to
188 NTTI
Observed frequency: 7.71 10-6
-------------------------------------------------------------Casein kinase II phosphorylation site PS00006
[ST]-x(2)-[DE]
-------------------------------------------------------------Site :
84 to
87 SKAE
Observed frequency: 4.19 10 -3
Site :
116 to
119 SGGD
Observed frequency: 3.75 10 -3
-------------------------------------------------------------Figure 8.2 – Génération des « matrices de substitution positionnelles ».
Seules les valeurs non nulles sont indiquées.
Figure 8.3 – Parcours de la séquence.
La séquence est découpée en segments chevauchants de longueur L = 6. Pour
chaque segment, la matrice est appliquée et la somme donne les scores qui sont
comparés à une valeur seuil (un seuil de 6 donne LVTHNS comme unique occurrence,
alors qu’un seuil de 5 donne les deux segments LVTHNS et LCVHNS (pointillés).