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2 • La diversité biologique : un état des lieux
En réalité le niveau de connaissance est variable selon les groupes
taxinomiques. Des recensements quasi exhaustifs ne sont disponibles
que pour un petit nombre de groupes zoologiques ou botaniques. C’est
le cas pour les mammifères et les oiseaux qui sont actuellement connus
à plus de 95%. Le nombre des insectes par contre est très certainement
largement supérieur à celui pourtant considérable (1 000 000) enregistré
jusqu’ici. Les insectes représentent près des deux tiers des nouvelles
descriptions d’espèces. Quant au nombre des champignons il pourrait
se situer entre 1 et 2 millions et celui des nématodes, petits vers parasites
de plantes et d’animaux, serait de plusieurs centaines de milliers. Les
sources des nouvelles espèces sont essentiellement les régions tropicales, les récifs coralliens, les grands fonds marins, mais également, sous
toutes les latitudes, les milieux d’accès difficile et les petites espèces
(faune du sol, méiofaune marine) et les parasites. Un mètre cube de sol
de prairie tempérée contient des milliers d’espèces de micro-organismes
et d’invertébrés dont on ignore le plus souvent le statut taxinomique et
l’activité métabolique.
Pour d’autres groupes, comme les bactéries et les virus, chez lesquels
les scientifiques ont plus de mal à caractériser les espèces que chez les
L’écologie moléculaire
Chez les bactéries, la notion d’espèce a longtemps été calquée sur
celle des autres groupes: l’appartenance à une espèce était décidée
en fonction du nombre de caractéristiques physiologiques et biochimiques partagées avec une souche type. Mais, dans de nombreux
environnements, seule une proportion minime d’espèces est
susceptible d’être isolée et cultivée, par rapport à toutes celles qui
sont présentes. La biologie moléculaire permet et les méthodes
d’amplification PCR qui permettent une amplification et la détermination rapide de la séquence de gènes à partir d’une petite
quantité de cellules, ont permis d’accéder à l’ADN bactérien des
espèces libres sans recourir aux cultures. On peut ainsi générer un
véritable inventaire de la diversité moléculaire qui nous a révélé
une énorme diversité de Procaryotes dans tous les environnements,
y compris ceux possédant des caractéristiques physiques et chimiques extrêmes. Ces travaux montrent également qu’une grande
partie de cette diversité ne relève pas de lignées déjà connues,
mais qu’il existe un nombre très important de groupes jusqu’alors
inconnus et génétiquement éloignés les uns des autres.
2 • La diversité biologique : un état des lieux
En réalité le niveau de connaissance est variable selon les groupes
taxinomiques. Des recensements quasi exhaustifs ne sont disponibles
que pour un petit nombre de groupes zoologiques ou botaniques. C’est
le cas pour les mammifères et les oiseaux qui sont actuellement connus
à plus de 95%. Le nombre des insectes par contre est très certainement
largement supérieur à celui pourtant considérable (1 000 000) enregistré
jusqu’ici. Les insectes représentent près des deux tiers des nouvelles
descriptions d’espèces. Quant au nombre des champignons il pourrait
se situer entre 1 et 2 millions et celui des nématodes, petits vers parasites
de plantes et d’animaux, serait de plusieurs centaines de milliers. Les
sources des nouvelles espèces sont essentiellement les régions tropicales, les récifs coralliens, les grands fonds marins, mais également, sous
toutes les latitudes, les milieux d’accès difficile et les petites espèces
(faune du sol, méiofaune marine) et les parasites. Un mètre cube de sol
de prairie tempérée contient des milliers d’espèces de micro-organismes
et d’invertébrés dont on ignore le plus souvent le statut taxinomique et
l’activité métabolique.
Pour d’autres groupes, comme les bactéries et les virus, chez lesquels
les scientifiques ont plus de mal à caractériser les espèces que chez les
L’écologie moléculaire
Chez les bactéries, la notion d’espèce a longtemps été calquée sur
celle des autres groupes: l’appartenance à une espèce était décidée
en fonction du nombre de caractéristiques physiologiques et biochimiques partagées avec une souche type. Mais, dans de nombreux
environnements, seule une proportion minime d’espèces est
susceptible d’être isolée et cultivée, par rapport à toutes celles qui
sont présentes. La biologie moléculaire permet et les méthodes
d’amplification PCR qui permettent une amplification et la détermination rapide de la séquence de gènes à partir d’une petite
quantité de cellules, ont permis d’accéder à l’ADN bactérien des
espèces libres sans recourir aux cultures. On peut ainsi générer un
véritable inventaire de la diversité moléculaire qui nous a révélé
une énorme diversité de Procaryotes dans tous les environnements,
y compris ceux possédant des caractéristiques physiques et chimiques extrêmes. Ces travaux montrent également qu’une grande
partie de cette diversité ne relève pas de lignées déjà connues,
mais qu’il existe un nombre très important de groupes jusqu’alors
inconnus et génétiquement éloignés les uns des autres.