2.1 La classification du vivant et ses principes
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
Vertébrés actuels, le groupe des «poissons» est un ensemble polyphylétique. Par exemple les Actinoptérygiens (comme la truite) sont plus
proches des Tétrapodes que des Chondrichtyens (raies, requins).
Les méthodes de la phylogénie moléculaire reposent sur l’hypothèse
que les espèces les plus apparentées présenteront des séquences de
gènes qui se ressemblent plus qu’elles ne ressemblent aux séquences
du même gène des autres espèces. Le degré de différence entre les
séquences de gènes dans des organismes différents peut être utilisé
comme une mesure de la distance évolutive entre ces organismes. La
recherche de relations de parenté entre organismes se fait ici sur les gènes
et non plus sur les traits morphologiques. On peut donc comparer des
organismes aussi différents que les bactéries et l’homme. Mais il ne
faut jamais oublier que les phylogénies ainsi établies ne sont que des
reconstructions hypothétiques du passé.
Grâce au développement des outils de la biologie moléculaire, la
classification phylogénétique prend actuellement le pas sur la classification phénétique. Les premières phylogénies moléculaires apparaissent
dans les années 1970 quand Carl Woese entreprend de reconstruire la
phylogénie des bactéries en utilisant l’ARN ribosomique: ARNr 16S
chez les bactéries, puis l’ARNr 18S chez les Eucaryotes. Auparavant,
on avait commencé à développer le séquençage des protéines par électrophorèse pour déterminer la séquence des acides aminés. Une technique
qui a été largement utilisée mais qui est supplantée par le séquençage
des acides nucléiques, ADN et ARN.
Au gré des nouvelles recherches et découvertes, la classification peut
être modifiée afin de mieux refléter les différentes lignées évolutives.
Des changements sont parfois fréquents, aussi bien pour les espèces
actuelles que pour les espèces fossiles. La taxinomie est donc une science
en perpétuelle évolution. Par exemple, les Eucaryotes constituent un
groupe très hétérogène dans lequel on distinguait quatre grands ensembles: les animaux, les plantes, les champignons et un groupe mal défini,
les protistes. Les phylogénies moléculaires basées sur l’ARNr 18S ont
permis de mieux comprendre les relations de parenté entre ces différentes lignées. Plusieurs «super-groupes» ont été reconnus, suggérant
que la pluricellularité est apparue plusieurs fois et indépendamment au
cours de l’évolution. Les plantes terrestres, les champignons, les algues
brunes et les animaux ont chacun une origine évolutive distincte. Les
champignons paraissent évolutivement plus proches des animaux que des
plantes. Nous sommes donc (toutes proportions gardées…) plus proches
d’une truffe que d’une pâquerette! Les algues ne constituent pas un
groupe monophylétique. Certaines se rapprochent de plantes terrestres,
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
Vertébrés actuels, le groupe des «poissons» est un ensemble polyphylétique. Par exemple les Actinoptérygiens (comme la truite) sont plus
proches des Tétrapodes que des Chondrichtyens (raies, requins).
Les méthodes de la phylogénie moléculaire reposent sur l’hypothèse
que les espèces les plus apparentées présenteront des séquences de
gènes qui se ressemblent plus qu’elles ne ressemblent aux séquences
du même gène des autres espèces. Le degré de différence entre les
séquences de gènes dans des organismes différents peut être utilisé
comme une mesure de la distance évolutive entre ces organismes. La
recherche de relations de parenté entre organismes se fait ici sur les gènes
et non plus sur les traits morphologiques. On peut donc comparer des
organismes aussi différents que les bactéries et l’homme. Mais il ne
faut jamais oublier que les phylogénies ainsi établies ne sont que des
reconstructions hypothétiques du passé.
Grâce au développement des outils de la biologie moléculaire, la
classification phylogénétique prend actuellement le pas sur la classification phénétique. Les premières phylogénies moléculaires apparaissent
dans les années 1970 quand Carl Woese entreprend de reconstruire la
phylogénie des bactéries en utilisant l’ARN ribosomique: ARNr 16S
chez les bactéries, puis l’ARNr 18S chez les Eucaryotes. Auparavant,
on avait commencé à développer le séquençage des protéines par électrophorèse pour déterminer la séquence des acides aminés. Une technique
qui a été largement utilisée mais qui est supplantée par le séquençage
des acides nucléiques, ADN et ARN.
Au gré des nouvelles recherches et découvertes, la classification peut
être modifiée afin de mieux refléter les différentes lignées évolutives.
Des changements sont parfois fréquents, aussi bien pour les espèces
actuelles que pour les espèces fossiles. La taxinomie est donc une science
en perpétuelle évolution. Par exemple, les Eucaryotes constituent un
groupe très hétérogène dans lequel on distinguait quatre grands ensembles: les animaux, les plantes, les champignons et un groupe mal défini,
les protistes. Les phylogénies moléculaires basées sur l’ARNr 18S ont
permis de mieux comprendre les relations de parenté entre ces différentes lignées. Plusieurs «super-groupes» ont été reconnus, suggérant
que la pluricellularité est apparue plusieurs fois et indépendamment au
cours de l’évolution. Les plantes terrestres, les champignons, les algues
brunes et les animaux ont chacun une origine évolutive distincte. Les
champignons paraissent évolutivement plus proches des animaux que des
plantes. Nous sommes donc (toutes proportions gardées…) plus proches
d’une truffe que d’une pâquerette! Les algues ne constituent pas un
groupe monophylétique. Certaines se rapprochent de plantes terrestres,