https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0121102
# https://cran.r-project.org/web/packages/shapeR/shapeR.pdf
# On doit définir le dossier de travail, mais avant il faut vérfier le dossier
actif par la commande suivante :
getwd()
# Si le dossier de travail n'est pas au bon endroit, on le définit en
utilisant la commande suivante :
setwd("C:/ShapeAnalysis")
# "C:/ShapeAnalysis" étant l'emplacement
supposé du dossier de l'application.
# Tout est prêt, on peut commencer l'application en chargeant d'abord le
package :
library(shapeR)
# Lire le fichier de données : shape = shapeR("C:/ShapeAnalysis",
"FISH.csv")
# Détection des contours :
shape = detect.outline(shape, threshold = 0.2, write.outline.w.org = TRUE)
# la valeur du seuil de détection "threshold" peut être modifiée si le
contour de l'otolithe est mal détecté.
# Vérfier si la détection des contours a été réalisée sans problème en
examinant visuellement les images générées dans le dossier
"Original_with_outline". Si le contour d'un otolithe est mal détecté, le seuil
doit être changé ou bien l'image doit être traitée en corrigeant le problème
causant la mauvaise détection du contour.
# Si un ou plusieurs contours sont mal détectés, ils doivent être éliminés
via la commande :
shape = remove.outline(shape,"folder","picname")
# remplacer
'folder' et 'picname' par leurs valeurs respectives
# Relancer la détection des contours
shape = detect.outline(shape, threshold = 0.2, write.outline.w.org = TRUE)
# seuls le/les contour(s) éliminées seront redétectés.