# On peut afficher un contour bien précis pour examination visuelle après
redétection avec la commande :
show.original.with.outline(shape,"folder","picname")
# On peut lisser les contours pour de meilleures analyses de Fourier et
Wavelet avec la commande :
shape = smoothout(shape, n = 100)
# On peut visualiser les deux contours, lissé et avant lissage sur un même
otolithe par la série de commandes suivantes :
outline.org=shapeoutline.list.org[["folder"]][["picname"]]
# remplacer
'folder' et 'picname' par leurs valeurs resepectives
outline=shapeoutline.list[["folder"]][["picname"]]
# remplacer
'folder' et 'picname' par leurs valeurs respectives
plot(outline.org$X,outline.org$Y,type='l',xlab="",ylab="",lwd=2,axes=F)
lines(outline$X,outline$Y,col="red",lwd=2)
legend("bottomleft",c('Original','Smoothed'),lty=1,col=c('black','red'),lwd=2)
# Extraire les coefficients de forme de Fourier et de Wavelet shape =
generateShapeCoefficients(shape)
# Connecter les métadonées des otolithes avec les données de contours :
shape = enrich.master.list(shape)
# Enregistrer le fichier enrichi :
save(shape,file = "NomChoisi.RData")
# Choisir un nom adapté au
fichier.
# Extraire les descripteurs de distances des otolithes (longueur et largeur de
Féret, périmètre et surface)
FeretLWPA = getMeasurements(shape)
# Exporter le tableau produit :
write.csv(FeretLWPA, file = "FeretLWPA.csv")
# Calculer les moyennes de chacun des descripteurs pour chacune des
populations/espèces et les exporter en des fichiers :