Annexe 01
Le script d‟application est donné dans ce qui suit (Lakhdar-Ezzine et Miloudi, 2019).
# Pour commencer l'application, il faut d'abord installer le package concerné
et installer aussi tout les packages dépendant en utilisant la commande
"install.packages()" en mettant le nom du package entre les ().
install.packages("shapeR")
# ce package utilise des commandes des
packages suivants qu'il faut installer également : gplots, jpeg, pixmap and
wavethresh, ipred
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("gplots")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("jpeg")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("pixmap") #
S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("wavethresh")
# Pour réaliser l'application de l'analyse de forme des otolithes en utilisant
le package "shapeR", on doit créer un dossier se nommant "ShapeAnalysis" et à
l'intérieur de ce dernier, créer un autre dossier au nom "Original" et y créer
des dossiers au nombre des populations que l'on a si l'on compare des
populations appartenant à une seule espèce ou au nombre d'espèces à comparer.
Les noms des dossiers doivent être composés de deux lettres en majuscule
codifiant l'aire de la population ou l'espèce. A l'intérieur de chaque dossier
doivent figurer les photos des otolithes à analyser qu'il faut nommer suivant
le modèle "101_1; 101_2; 102_1...". Une copie du dossier "Orignal" se nommant
"Fixed" est à mettre aussi dans le même dossier racine. On rajoute également
le fichier de données qu'on nomme "FISH.csv", contenant les métadonnées des
otolithes. Modèle du fichier à suivre sur ce lien :
https://github.com/lisalibungan/shapeR/blob/master/ShapeAnalysis/FISH.csv
# Deux colonnes sont obligatoires dans ce fichier : "folder", nom du dossier
contenant l'otolithe' et "picname", nom de la photo de l'otolithe. La colonne
"length_cm", longueur du poisson, est nécessaire pour pouvoir éliminer
l'effet de la croissance allométrique sur la forme de l'otolithe. La colonne
"cal" est nécessaire pour pouvoir extraire les données sur le périmètre, la
hauteur, la largeur et la surface de l'otolithe.
# Davantage d'explication sur la procédure et les différentes commandes du
package sont disponible sur les liens suivants :
#
Le script d‟application est donné dans ce qui suit (Lakhdar-Ezzine et Miloudi, 2019).
# Pour commencer l'application, il faut d'abord installer le package concerné
et installer aussi tout les packages dépendant en utilisant la commande
"install.packages()" en mettant le nom du package entre les ().
install.packages("shapeR")
# ce package utilise des commandes des
packages suivants qu'il faut installer également : gplots, jpeg, pixmap and
wavethresh, ipred
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("gplots")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("jpeg")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("pixmap") #
S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("wavethresh")
# Pour réaliser l'application de l'analyse de forme des otolithes en utilisant
le package "shapeR", on doit créer un dossier se nommant "ShapeAnalysis" et à
l'intérieur de ce dernier, créer un autre dossier au nom "Original" et y créer
des dossiers au nombre des populations que l'on a si l'on compare des
populations appartenant à une seule espèce ou au nombre d'espèces à comparer.
Les noms des dossiers doivent être composés de deux lettres en majuscule
codifiant l'aire de la population ou l'espèce. A l'intérieur de chaque dossier
doivent figurer les photos des otolithes à analyser qu'il faut nommer suivant
le modèle "101_1; 101_2; 102_1...". Une copie du dossier "Orignal" se nommant
"Fixed" est à mettre aussi dans le même dossier racine. On rajoute également
le fichier de données qu'on nomme "FISH.csv", contenant les métadonnées des
otolithes. Modèle du fichier à suivre sur ce lien :
https://github.com/lisalibungan/shapeR/blob/master/ShapeAnalysis/FISH.csv
# Deux colonnes sont obligatoires dans ce fichier : "folder", nom du dossier
contenant l'otolithe' et "picname", nom de la photo de l'otolithe. La colonne
"length_cm", longueur du poisson, est nécessaire pour pouvoir éliminer
l'effet de la croissance allométrique sur la forme de l'otolithe. La colonne
"cal" est nécessaire pour pouvoir extraire les données sur le périmètre, la
hauteur, la largeur et la surface de l'otolithe.
# Davantage d'explication sur la procédure et les différentes commandes du
package sont disponible sur les liens suivants :
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