CHAPITRE V
Résultats & Discussion
138
V.11.2 Le gène xylM et xylA
Les souches ayant montré un bon potentiel à se développer sur des hydrocarbures aromatiques
(PSF-14Sw, PSF-16Sw, PSF-31S, PSF-35Sw et PSF-43Sw) ont été examinées pour la
présence du gène de la xylène monooxygénase par PCR.
Aucun produit de PCR n'a été obtenu avec les amorces TOL-F/TOL-R. Tandis qu’un seul
produit de PCR de la xylA a été obtenu pour la souche PSF-43Sw avec les amorces XYLA-F /
XYLA-R.
La séquence nucléotidique du xylA de la souche PSF-43Sw est identique à celle de
Marinobacter Sp qui confirment les résultats obtenus par séquençage 16S et alkB pour cet
isolat (tableau 25).
Il est rare de trouver des micro-organismes ayant la capacité à dégrader à la fois des composés
aliphatiques et aromatiques. La dégradation des deux types d'hydrocarbures nécessite
différentes voies métaboliques (M’rassi et al., 2015). Cette souche PSF-43Sw liée à M.
nitratireducens possède à la fois les voies cataboliques de dégradation des hydrocarbures
aliphatiques et aromatiques ce qui confirme sa capacité à métaboliser à la fois les alcanes et
les hydrocarbures aromatiques. Résultat révélé également par l'analyse du profil d'utilisation
des hydrocarbures.
Tableau 25. Analyses nucléotidique (BLASTn) comparatives des séquences des gènes 16S,
alkB et xylA de la souche PSF-43Sw
Gènes Description
Similarité Accession number
16
Marinobacter nitratireducens strain AK21
99%
NR_136469.1
alkB
Alkane monooxygenase AlkB [Marinobacter sp.
SL004A-39A]
88%
ALP44217.1
xylA
Marinobacter similis strain A3d10 (xylA gene)
99%
CP007151.1
Selon des études similaires, il est possible que les deux voies de dégradation coexistent
(Zhang et al., 2011).
Sotsky et collaborateurs (1994) ont isolés des bactéries des sédiments affectés par la marée
noire Exxon Valdez et ont étudié leur capacité à métaboliser les hydrocarbures aliphatiques et
aromatiques en examinant la présence des gènes alkB et xylE. Ces auteurs ont trouvé qu’une
proportion significative (32%) des populations dégradant les hydrocarbures dans les
Résultats & Discussion
138
V.11.2 Le gène xylM et xylA
Les souches ayant montré un bon potentiel à se développer sur des hydrocarbures aromatiques
(PSF-14Sw, PSF-16Sw, PSF-31S, PSF-35Sw et PSF-43Sw) ont été examinées pour la
présence du gène de la xylène monooxygénase par PCR.
Aucun produit de PCR n'a été obtenu avec les amorces TOL-F/TOL-R. Tandis qu’un seul
produit de PCR de la xylA a été obtenu pour la souche PSF-43Sw avec les amorces XYLA-F /
XYLA-R.
La séquence nucléotidique du xylA de la souche PSF-43Sw est identique à celle de
Marinobacter Sp qui confirment les résultats obtenus par séquençage 16S et alkB pour cet
isolat (tableau 25).
Il est rare de trouver des micro-organismes ayant la capacité à dégrader à la fois des composés
aliphatiques et aromatiques. La dégradation des deux types d'hydrocarbures nécessite
différentes voies métaboliques (M’rassi et al., 2015). Cette souche PSF-43Sw liée à M.
nitratireducens possède à la fois les voies cataboliques de dégradation des hydrocarbures
aliphatiques et aromatiques ce qui confirme sa capacité à métaboliser à la fois les alcanes et
les hydrocarbures aromatiques. Résultat révélé également par l'analyse du profil d'utilisation
des hydrocarbures.
Tableau 25. Analyses nucléotidique (BLASTn) comparatives des séquences des gènes 16S,
alkB et xylA de la souche PSF-43Sw
Gènes Description
Similarité Accession number
16
Marinobacter nitratireducens strain AK21
99%
NR_136469.1
alkB
Alkane monooxygenase AlkB [Marinobacter sp.
SL004A-39A]
88%
ALP44217.1
xylA
Marinobacter similis strain A3d10 (xylA gene)
99%
CP007151.1
Selon des études similaires, il est possible que les deux voies de dégradation coexistent
(Zhang et al., 2011).
Sotsky et collaborateurs (1994) ont isolés des bactéries des sédiments affectés par la marée
noire Exxon Valdez et ont étudié leur capacité à métaboliser les hydrocarbures aliphatiques et
aromatiques en examinant la présence des gènes alkB et xylE. Ces auteurs ont trouvé qu’une
proportion significative (32%) des populations dégradant les hydrocarbures dans les