CHAPITRE V
Résultats & Discussion
139
sédiments de l'Alaska affectés par le déversement d'hydrocarbures possédait à la fois les gènes
xylE et alkB.
Whyte et collaborateurs (1997) ont isolé et caractérisé des bactéries dégradant les
hydrocarbures des régions arctiques contaminées par du pétrole. Des souches identifiées
comme étant Pseudomonas sp. ont dégradé les n-alcanes, toluène et naphtalène à 5 et 25 ° C
et possédait à la fois la voie catabolique alkB pour la biodégradation des alcanes et la voie
catabolique de nah pour la biodégradation des hydrocarbures aromatiques polynucléaires.
Arvanitis et collaborateurs (2008) ont isolé des bactéries d’une raffinerie et ont étudié la
présence des gènes nahH et alkJ, enzymes clés dans la dégradation des hydrocarbures
aromatiques et aliphatiques. Ces auteurs ont trouvé que des souches des genres Pseudomonas
et Bacillus possédaient les deux gènes. Ces résultats indiquent que les gènes des voies de
dégradation des hydrocarbures aromatiques et aliphatiques ne sont pas incompatibles et
peuvent coexister dans le même organisme.
Certaines des souches isolées du port de Sidi Fredj, se développant en présence de pétrole brut
ne donnaient aucun produit d'amplification, ce qui implique l'existence d'autres voies de
biodégradation ou de séquences de gènes très divergentes, ce qui suggère qu’elles hébergent
probablement d'autres gènes de dégradation des hydrocarbures (comme AlmA, P450…)
(M'rassi et al., 2015).
V.12 Evaluation des taux de biodégradation des hydrocarbures.
D'après les données obtenues à partir des profils d’utilisation des différents hydrocarbures, les
courbes de croissance ainsi que l’identification moléculaire, 15 isolats ont été sélectionnés
afin d’évaluer leur capacité à dégrader le pétrole brut.
Les taux de biodégradation du pétrole brut par les souches sélectionnées, ont été déterminés à
partir des cultures in vitro sur une période d’une semaine d’incubation. La quantité du substrat
biodégradé a été mesurée en utilisant l’analyse de chromatographie en phase gazeuse couplée
à une détection par ionisation de flamme (GC-FID). Au niveau du test lui-même, il convenait
de me ne pas négliger la mise en œuvre de fioles dites « abiotiques » afin de quantifier les
pertes liées notamment aux fuites de substrats. Les concentrations calculées ont été converties
en pourcentage de biodégradation. Le pourcentage de dégradation des hydrocarbures totaux
ainsi que les deux fractions du pétrole brut (aliphatiques et aromatiques) par les isolats a été
calculé à partir de la différence entre la perte totale d'hydrocarbures dans le milieu inoculé et
la perte abiotique dans le milieu stérile.
Résultats & Discussion
139
sédiments de l'Alaska affectés par le déversement d'hydrocarbures possédait à la fois les gènes
xylE et alkB.
Whyte et collaborateurs (1997) ont isolé et caractérisé des bactéries dégradant les
hydrocarbures des régions arctiques contaminées par du pétrole. Des souches identifiées
comme étant Pseudomonas sp. ont dégradé les n-alcanes, toluène et naphtalène à 5 et 25 ° C
et possédait à la fois la voie catabolique alkB pour la biodégradation des alcanes et la voie
catabolique de nah pour la biodégradation des hydrocarbures aromatiques polynucléaires.
Arvanitis et collaborateurs (2008) ont isolé des bactéries d’une raffinerie et ont étudié la
présence des gènes nahH et alkJ, enzymes clés dans la dégradation des hydrocarbures
aromatiques et aliphatiques. Ces auteurs ont trouvé que des souches des genres Pseudomonas
et Bacillus possédaient les deux gènes. Ces résultats indiquent que les gènes des voies de
dégradation des hydrocarbures aromatiques et aliphatiques ne sont pas incompatibles et
peuvent coexister dans le même organisme.
Certaines des souches isolées du port de Sidi Fredj, se développant en présence de pétrole brut
ne donnaient aucun produit d'amplification, ce qui implique l'existence d'autres voies de
biodégradation ou de séquences de gènes très divergentes, ce qui suggère qu’elles hébergent
probablement d'autres gènes de dégradation des hydrocarbures (comme AlmA, P450…)
(M'rassi et al., 2015).
V.12 Evaluation des taux de biodégradation des hydrocarbures.
D'après les données obtenues à partir des profils d’utilisation des différents hydrocarbures, les
courbes de croissance ainsi que l’identification moléculaire, 15 isolats ont été sélectionnés
afin d’évaluer leur capacité à dégrader le pétrole brut.
Les taux de biodégradation du pétrole brut par les souches sélectionnées, ont été déterminés à
partir des cultures in vitro sur une période d’une semaine d’incubation. La quantité du substrat
biodégradé a été mesurée en utilisant l’analyse de chromatographie en phase gazeuse couplée
à une détection par ionisation de flamme (GC-FID). Au niveau du test lui-même, il convenait
de me ne pas négliger la mise en œuvre de fioles dites « abiotiques » afin de quantifier les
pertes liées notamment aux fuites de substrats. Les concentrations calculées ont été converties
en pourcentage de biodégradation. Le pourcentage de dégradation des hydrocarbures totaux
ainsi que les deux fractions du pétrole brut (aliphatiques et aromatiques) par les isolats a été
calculé à partir de la différence entre la perte totale d'hydrocarbures dans le milieu inoculé et
la perte abiotique dans le milieu stérile.