CHAPITRE V
Résultats & Discussion
115
PCR de l’ADNr par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en fonction de leur composition
en bases GC.
Dans un premier temps, la région variable V3 correspondant aux positions 341 à 534 de la
séquence d'ARNr 16S d'Escherichia coli a été amplifiée par PCR à partir d'ADN génomique
total en utilisant les amorces 341f-GC et 534r.
Les amplicons ont été ensuite visualisés sur gel d’agarose (1,5%) (figure 43).
Figure 43. Gel d’électrophorèse des produits PCR de l’amplification de la région V3 à partir
de l’ADN métagénomique des échantillons d’eau et de sédiment (Sed=sédiment, SW=
seawater, C- : Contrôle négatif, M= marqueur de taille 100 bp)
Des amplicons de taille 190 bp ont été obtenus pour tous les échantillons d’eau et de sédiment
des différentes stations. Les amplicons ont été par la suite séparés par électrophorèse sur gel
de polyacrylamide. Après 17h de migration, le gel a été colorié puis capturé avec un gel Doc
2000 (Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA). Les profils DGGE ont été analysés
visuellement et à l’aide du logiciel Past 3. La présence ou l’absence de bandes à une distance
de migration donnée, permet de générer une matrice à partir de laquelle le coefficient de
similarité Jaccard est calculé (Sneath et Sokal, 1973). Des dendrogrammes selon la méthode
Neighbor-Joining sont alors construits (figure 44, A).
Résultats & Discussion
115
PCR de l’ADNr par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en fonction de leur composition
en bases GC.
Dans un premier temps, la région variable V3 correspondant aux positions 341 à 534 de la
séquence d'ARNr 16S d'Escherichia coli a été amplifiée par PCR à partir d'ADN génomique
total en utilisant les amorces 341f-GC et 534r.
Les amplicons ont été ensuite visualisés sur gel d’agarose (1,5%) (figure 43).
Figure 43. Gel d’électrophorèse des produits PCR de l’amplification de la région V3 à partir
de l’ADN métagénomique des échantillons d’eau et de sédiment (Sed=sédiment, SW=
seawater, C- : Contrôle négatif, M= marqueur de taille 100 bp)
Des amplicons de taille 190 bp ont été obtenus pour tous les échantillons d’eau et de sédiment
des différentes stations. Les amplicons ont été par la suite séparés par électrophorèse sur gel
de polyacrylamide. Après 17h de migration, le gel a été colorié puis capturé avec un gel Doc
2000 (Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA). Les profils DGGE ont été analysés
visuellement et à l’aide du logiciel Past 3. La présence ou l’absence de bandes à une distance
de migration donnée, permet de générer une matrice à partir de laquelle le coefficient de
similarité Jaccard est calculé (Sneath et Sokal, 1973). Des dendrogrammes selon la méthode
Neighbor-Joining sont alors construits (figure 44, A).