Chapitre I : La caractérisation de la phylogénie et de la résistance aux antibiotiques des
souches d’Escherichia coli isolées à partir de la moule « mytilus galloprovincialis ».
La Recherche bibliographique
I.3.4 Phylogénie, Plasticité et clonalité génomique de l’espèce :
Escherichia coli est l'une des espèces bactériennes présentant une très forte plasticité
génomique. Elle s’adapte entre son habitat primaire, l'intestin des vertébrés, où elle vit comme
commensale, et son habitat secondaire, l'eau et les sédiments. Le répertoire total de gènes de
l’espèce est supérieur à 10 000. La majorité des souches, porte environ 4 721 gènes, et
seulement 1 976 gènes appartiennent au fond commun. (Tenaillon et al., 2010).
Ainsi, la diversité phénotypique observée est le résultat d'un grand nombre de combinaisons
de gènes. Outre le flux de gènes important, des études basées sur l’analyse du polymorphisme
électro phorétique d’enzymes métaboliques (multilocus enzyme electrophoresis ou MLEE)
ont montré que E. coli était une espèce clonale. Cette espèce appartient à neuf sous groupes
phylogénétiques avec la délinéation claire au moins de six principaux groupes
phylogénétiques (A, B1, B2, D, E et F) (figure 6), (Tenaillon et al., 2010). .
Figure 5 : l’arbre phylogénique des groupes A, B2, D, B1 d’E. Coli. Les Cercles
représentent l’analyse de 161 Souches isolées d’une bactériémie; Les carrés représentent 67
Souches ECOR ; et les triangles représentent7 génomes de référence .En Rouge le groupe
B2,En vert le B1,En jaune le D, et en bleu le groupe A.
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