Chapitre I : La caractérisation de la phylogénie et de la résistance aux antibiotiques des
souches d’Escherichia coli isolées à partir de la moule « mytilus galloprovincialis ».
La Recherche bibliographique
I.3.4.1 Test moléculaire :
Historiquement l’espèce E. coli, faisant partie de la famille des Enterobacteriaceae, elle a été
déterminée à partir de caractères phénotypiques, biochimiques et physiologiques. Aujourd’hui
ce sont des techniques basées sur l’utilisation de l’ADN qui permettent une étude génétique
des populations et la caractérisation des différentes souches d’E. coli.
Depuis la fin des années 90 et l’utilisation des automates permettant le développement du
séquençage des gènes, la technique MLST est reconnue comme la plus puissante pour l’étude
génétique des populations (Enright et Spratt, 1999).
 La technique MLST (Multilocus sequence typing) :
Elle mesure directement la variation de la séquence ADN dans un groupe de gènes dits
« gènes de ménage », connus pour avoir subi peu de recombinaison, caractérisant ainsi les
souches par un profil allélique unique.
 La technique MLEE (Multilocus enzyme electrophoresis) :
Elle consiste à analyser des variations de mobilité électro phorétique de certaines enzymes
bactériennes (isoenzymes). Elle peut être considérée comme une méthode génotypique car les
variations de mobilité sont dues à des différences dans la séquence en acides aminés de
l’enzyme qui reflètent des différences dans la séquence nucléotidique du gène correspondant.
(Ochman et Selander, 1984).
Dans l’espèce E. coli, différentes études faisant appel à la technique MLST montrent la
présence de quatre groupes phylogénétiques majeurs A, B1, B2 et D, ainsi que trois groupes
mineurs nommés C, E et F. Lecointre et al. ont pour la première fois en 1998, grâce à cette
technique, raciné l’arbre de E. coli par comparaison avec un groupe externe Salmonella
enterica (Lecointre et al., 1998). Cette étude a permis aussi de définir le groupe B2 comme le
plus ancien des groupes phylogénétiques chez E. coli.
Une technique d’amplification par PCR de trois fragments d’ADN (chuA, yjA et TSPE4.C2),
PCR triplex, a été mise au point afin de déterminer plus simplement l’appartenance de
certains isolats aux quatre groupes phylogénétiques majeurs (B2, D, B1 et A) (Figure 7)
(Clermont et al., 2000). Cette méthode simple a montré une bonne corrélation avec la
technique MLST même si elle est moins précise (Gordonet al., 2008).
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