Chapitre II : Matériel et méthodes
-27 Le cladogramme est un dendrogramme exprimant une hypothèse sur les parentés
phylogénétiques entre plusieurs taxons, construit par l’analyse cladistique.
Le phénogramme est un dendrogramme construit par la phénétique à partir de distances
entre les taxons.
Un groupe monophylétique comprend un ancêtre hypothétique et l’ensemble de ses descendants.
Un groupe paraphylétique comprend un ancêtre et une partie seulement de ses descendants.
Un groupe polyphylétique ne comprend aucun ancêtre commun à tous les membres du groupe.
Un cluster est un ensemble d’individus se caractérisant par une similitude génétique suffisante pour
qu’ils puissent être considérés comme appartenant à la même espèce (Decaëns, 2013)
Les Groupes-frères sont des groupes monophylétiques qui ont en commun une espèce ancestrale qui
leur est propre, et forment avec elle un groupe monophylétique.
4.3.1. Les méthodes phylogénétiques
Selon Lecointre et Le Guyader (2001), il existe deux principales méthodes phylogénétiques, la
cladistique et la phénétique
Les méthodes cladistiques ou la cladistique, c’est une méthode d’analyse des caractères qui
visent à mettre en évidence la séquence évolutive de leurs transformations, c’est-à-dire déterminer
l’état primitif de leur état dérivé.
Les méthodes phénétiques tentent de quantifier la ressemblance générale entre les
organismes et pour cela elle calcul un indice de similitude globale entre deux taxons ou une distance
entre chaque couple de taxon qui dans le cas des séquences alignées, se présente comme le nombre
de nucléotides différents entre les deux espèces divisés par le nombre de sites examinés. Les
distances sont inscrites dans une matrice et serviront par la suite à la construction d’un arbre
phylogénétique (ou phénogramme).
4.3.2. Méthode de reconstruction d'arbres phylogénétiques
Différentes méthodes de génération d’arbres phylogénétiques peuvent être appliquées pour obtenir
l’arbre qui reflète le mieux les données, elles sont regroupées en trois grandes catégories : méthodes
basées sur les distances (phénétique), méthodes basées sur les caractères (cladistique) et méthodes
basées sur les caractères et les distances.
A. Les méthodes basées sur les distances utilisent une matrice d’estimation de la distance
évolutive obtenue en comparant les paires de séquences, elles comprennent la méthode UPGMA, et
celle de Neighbor-joining
Le principe de la méthode de Neighbor-joiningà développée par Saitou et Nei (1987) est de trouver
des paires d'unités taxonomiques opérationnelles (UTO [= Voisins]) qui réduisent au minimum la
longueur de la branche totale à chaque étape du regroupement des UTO commençant par un arbre
-27 Le cladogramme est un dendrogramme exprimant une hypothèse sur les parentés
phylogénétiques entre plusieurs taxons, construit par l’analyse cladistique.
Le phénogramme est un dendrogramme construit par la phénétique à partir de distances
entre les taxons.
Un groupe monophylétique comprend un ancêtre hypothétique et l’ensemble de ses descendants.
Un groupe paraphylétique comprend un ancêtre et une partie seulement de ses descendants.
Un groupe polyphylétique ne comprend aucun ancêtre commun à tous les membres du groupe.
Un cluster est un ensemble d’individus se caractérisant par une similitude génétique suffisante pour
qu’ils puissent être considérés comme appartenant à la même espèce (Decaëns, 2013)
Les Groupes-frères sont des groupes monophylétiques qui ont en commun une espèce ancestrale qui
leur est propre, et forment avec elle un groupe monophylétique.
4.3.1. Les méthodes phylogénétiques
Selon Lecointre et Le Guyader (2001), il existe deux principales méthodes phylogénétiques, la
cladistique et la phénétique
Les méthodes cladistiques ou la cladistique, c’est une méthode d’analyse des caractères qui
visent à mettre en évidence la séquence évolutive de leurs transformations, c’est-à-dire déterminer
l’état primitif de leur état dérivé.
Les méthodes phénétiques tentent de quantifier la ressemblance générale entre les
organismes et pour cela elle calcul un indice de similitude globale entre deux taxons ou une distance
entre chaque couple de taxon qui dans le cas des séquences alignées, se présente comme le nombre
de nucléotides différents entre les deux espèces divisés par le nombre de sites examinés. Les
distances sont inscrites dans une matrice et serviront par la suite à la construction d’un arbre
phylogénétique (ou phénogramme).
4.3.2. Méthode de reconstruction d'arbres phylogénétiques
Différentes méthodes de génération d’arbres phylogénétiques peuvent être appliquées pour obtenir
l’arbre qui reflète le mieux les données, elles sont regroupées en trois grandes catégories : méthodes
basées sur les distances (phénétique), méthodes basées sur les caractères (cladistique) et méthodes
basées sur les caractères et les distances.
A. Les méthodes basées sur les distances utilisent une matrice d’estimation de la distance
évolutive obtenue en comparant les paires de séquences, elles comprennent la méthode UPGMA, et
celle de Neighbor-joining
Le principe de la méthode de Neighbor-joiningà développée par Saitou et Nei (1987) est de trouver
des paires d'unités taxonomiques opérationnelles (UTO [= Voisins]) qui réduisent au minimum la
longueur de la branche totale à chaque étape du regroupement des UTO commençant par un arbre