Chapitre II : Matériel et méthodes
-254.2. Le marqueur génétique
Le marqueur génétique proposé par Hebert et al. (2003) comme barcode moléculaire universel est
une portion d’ADN correspondant à la fin de la région 5’ du gène mitochondrial codant pour le
cytochrome c oxydase I (COI) (658 paires de bases).
Le génome mitochondrial (fig. 2.3) est de petite taille (~ 16 kb), il comprend 37 gènes ; deux gènes
pour les ARNr, 13 gènes codant pour des protéines de la chaine respiratoire dont le cytochrome c
oxydase I et 22 gène pour l’ARNt (Boore, 1999). Il est considéré comme un meilleur marqueur par
rapport au génome nucléaire pour les raisons suivantes :
- Il est facile à amplifier car il ne contient pas d’introns et il apparait en plusieurs exemplaires dans
la cellule (Gissi et al. 2008 in Galtier et al., 2008).
-Sa transmission est uniparentale (maternelle) ce qui signifie qu’il n’y a pas de recombinaison. Cela
simplifie la représentation des analyses des données de la variation intra-spécifique (Galtier et al.,
2008).
-Il présente un taux d’évolution élevé, d’après Excoffier et Roessli (1990), les populations ayant
divergé depuis peu (quelques dizaines de milliers d’années), accumule un nombre appréciable de
mutations conduisant à l’observation de types d’ADNmt nouveaux et différents dans les
échantillons. Et selon Cox et Hebert (2001) (in Hebert et al., 2003a), l'évolution de ce gène est
suffisamment rapide pour permettre aussi la distinction des groupes phylogéographiques au sein
d'une seule espèce.
Figure 2.3: Représentation schématique du génome mitochondrial des vertébrés (Papetti et al.,
2007) COI : Cytochrome c oxydase I.
Par rapport aux gènes de l’ADNr (12s et 16s), les gènes codants pour les protéines présentent
l’avantage d’être facile à aligner du fait du faible nombre d’insertions/délétions qu’ils contiennent.
Le choix est porté sur la cytochrome c oxydase I car il semble posséder une plus grande gamme de
signaux phylogénétiques (la tendance pour les espèces apparentées à se ressemblent (Blomberg et
al., 2003)) que tout autre gène mitochondrial (Hebert et al.,2003a).
Le projet barcode of life initié par Paul Hebert en 2003 a comme objectif principale la mise en place
d’une bibliothèque de référence qui permettra d’attribuer des spécimens inconnus à des espèces
connues.
Pour promouvoir le développement et l’utilisation du barcode moléculaire, l’initiative internationale
Consortium for the Barcode Of Life (CBOL) fut créée en 2004, elle considère le barcode
-254.2. Le marqueur génétique
Le marqueur génétique proposé par Hebert et al. (2003) comme barcode moléculaire universel est
une portion d’ADN correspondant à la fin de la région 5’ du gène mitochondrial codant pour le
cytochrome c oxydase I (COI) (658 paires de bases).
Le génome mitochondrial (fig. 2.3) est de petite taille (~ 16 kb), il comprend 37 gènes ; deux gènes
pour les ARNr, 13 gènes codant pour des protéines de la chaine respiratoire dont le cytochrome c
oxydase I et 22 gène pour l’ARNt (Boore, 1999). Il est considéré comme un meilleur marqueur par
rapport au génome nucléaire pour les raisons suivantes :
- Il est facile à amplifier car il ne contient pas d’introns et il apparait en plusieurs exemplaires dans
la cellule (Gissi et al. 2008 in Galtier et al., 2008).
-Sa transmission est uniparentale (maternelle) ce qui signifie qu’il n’y a pas de recombinaison. Cela
simplifie la représentation des analyses des données de la variation intra-spécifique (Galtier et al.,
2008).
-Il présente un taux d’évolution élevé, d’après Excoffier et Roessli (1990), les populations ayant
divergé depuis peu (quelques dizaines de milliers d’années), accumule un nombre appréciable de
mutations conduisant à l’observation de types d’ADNmt nouveaux et différents dans les
échantillons. Et selon Cox et Hebert (2001) (in Hebert et al., 2003a), l'évolution de ce gène est
suffisamment rapide pour permettre aussi la distinction des groupes phylogéographiques au sein
d'une seule espèce.
Figure 2.3: Représentation schématique du génome mitochondrial des vertébrés (Papetti et al.,
2007) COI : Cytochrome c oxydase I.
Par rapport aux gènes de l’ADNr (12s et 16s), les gènes codants pour les protéines présentent
l’avantage d’être facile à aligner du fait du faible nombre d’insertions/délétions qu’ils contiennent.
Le choix est porté sur la cytochrome c oxydase I car il semble posséder une plus grande gamme de
signaux phylogénétiques (la tendance pour les espèces apparentées à se ressemblent (Blomberg et
al., 2003)) que tout autre gène mitochondrial (Hebert et al.,2003a).
Le projet barcode of life initié par Paul Hebert en 2003 a comme objectif principale la mise en place
d’une bibliothèque de référence qui permettra d’attribuer des spécimens inconnus à des espèces
connues.
Pour promouvoir le développement et l’utilisation du barcode moléculaire, l’initiative internationale
Consortium for the Barcode Of Life (CBOL) fut créée en 2004, elle considère le barcode