Chapitre II : Matériel et méthodes
-24Le but est atteint en transformant chaque individu (par augmentation ou réduction) par rapport à une
taille standard déterminée par l'utilisateur, en tenant compte de la croissance relative.
4. Génétique moléculaire
4.1. Le barcode moléculaire
Selon Hebert et al., (2003a), l’identification des espèces en utilisant l’approche morphologique
présente des limites importantes :
La plasticité phénotypique et la variabilité génétique dans les caractères utilisés pour la
reconnaissance des espèces peuvent conduire à des identifications erronées.
Les taxons morphologiquement cryptiques sont négligés.
La difficulté d’identifier des individus du fait que les clés morphologiques sont souvent
efficaces que pour une étape de vie ou de sexe.
L’utilisation des clés exige souvent un haut niveau d’expertise.
Selon les mêmes auteurs, ces limitations signalent la nécessité d’une nouvelle approche de la
reconnaissance des taxons, un système d’identification micro-génomique qui consiste en
l’utilisation d’une courte séquence d’ADN pour identifier de façon rapide et précise les individus au
niveau spécifique comme le ferait un code barre pour identifier un produit commercialisé.
Le barcode moléculaire est présenté comme une solution pour la délimitation d’espèces cryptiques
(Geoffroy, 2015).
Selon Hebert et Gregory (2005), cette méthode permettra d’accélérer le rythme des découvertes
d’espèces en permettant aux taxonomistes de trier rapidement les spécimens et en mettant en
évidence les taxons divergents qui peuvent représenter de nouvelles espèces. Ainsi, le barcode
moléculaire offre une possibilité aux taxonomistes d’élargir et de compléter un inventaire mondial
de la diversité de la vie.
L’hypothèse de départ est basée sur le fait que pour un même fragment d’ADN universellement
choisi au sein du vivant (un barcode moléculaire), la variation intraspécifique serait toujours
inférieure à la variation interspécifique (Hebert et al., 2003b).
Il est cependant nécessaire de déterminer des seuils qui distinguent les espèces dans d’autres régions
géographiques et les groupes taxonomiques. Selon Avis (2000), les divergences intra-spécifiques
sont rarement supérieures à 2%, et dans la plus part du temps, elle est inférieure à 1%. Lorsque les
divergences plus élevées sont observées, ces variations apparaissent habituellement comme des
isolats géographiques. En outre, beaucoup de ces divergences élevées impliquent des cas
d’incertitude taxonomique (Avis et Walker, 1999), selon Hebert et al. (2003a), les espèces
nouvellement rencontrées vont habituellement signaler leur présence par leur divergence génétique
des individus connus de l’assemblage.
-24Le but est atteint en transformant chaque individu (par augmentation ou réduction) par rapport à une
taille standard déterminée par l'utilisateur, en tenant compte de la croissance relative.
4. Génétique moléculaire
4.1. Le barcode moléculaire
Selon Hebert et al., (2003a), l’identification des espèces en utilisant l’approche morphologique
présente des limites importantes :
La plasticité phénotypique et la variabilité génétique dans les caractères utilisés pour la
reconnaissance des espèces peuvent conduire à des identifications erronées.
Les taxons morphologiquement cryptiques sont négligés.
La difficulté d’identifier des individus du fait que les clés morphologiques sont souvent
efficaces que pour une étape de vie ou de sexe.
L’utilisation des clés exige souvent un haut niveau d’expertise.
Selon les mêmes auteurs, ces limitations signalent la nécessité d’une nouvelle approche de la
reconnaissance des taxons, un système d’identification micro-génomique qui consiste en
l’utilisation d’une courte séquence d’ADN pour identifier de façon rapide et précise les individus au
niveau spécifique comme le ferait un code barre pour identifier un produit commercialisé.
Le barcode moléculaire est présenté comme une solution pour la délimitation d’espèces cryptiques
(Geoffroy, 2015).
Selon Hebert et Gregory (2005), cette méthode permettra d’accélérer le rythme des découvertes
d’espèces en permettant aux taxonomistes de trier rapidement les spécimens et en mettant en
évidence les taxons divergents qui peuvent représenter de nouvelles espèces. Ainsi, le barcode
moléculaire offre une possibilité aux taxonomistes d’élargir et de compléter un inventaire mondial
de la diversité de la vie.
L’hypothèse de départ est basée sur le fait que pour un même fragment d’ADN universellement
choisi au sein du vivant (un barcode moléculaire), la variation intraspécifique serait toujours
inférieure à la variation interspécifique (Hebert et al., 2003b).
Il est cependant nécessaire de déterminer des seuils qui distinguent les espèces dans d’autres régions
géographiques et les groupes taxonomiques. Selon Avis (2000), les divergences intra-spécifiques
sont rarement supérieures à 2%, et dans la plus part du temps, elle est inférieure à 1%. Lorsque les
divergences plus élevées sont observées, ces variations apparaissent habituellement comme des
isolats géographiques. En outre, beaucoup de ces divergences élevées impliquent des cas
d’incertitude taxonomique (Avis et Walker, 1999), selon Hebert et al. (2003a), les espèces
nouvellement rencontrées vont habituellement signaler leur présence par leur divergence génétique
des individus connus de l’assemblage.