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Le SDS-PAGE est de nos jours utilisé en routine principalement pour:
-estimer la taille des protéines.
-établir la pureté d’une protéine.
-quantifier les protéines.
-contrôler l’intégrité protéique.
-comparer le contenu protéique de différents échantillons.
-analyser la taille et le nombre des sous-unités protéique.
-établir des cartes 2D (Ballihaut, 2007).
La dénaturation des protéines entraîne la perte de leur activité enzymatique ce qui oblige
parfois à avoir recours à l’électrophorèse de zone non dénaturante plus délicate à utiliser et
presque toujours moins résolutive (Ballihaut, 2007).
Electrophorèse bidimensionnelle de protéines sur gel de polyacrylamide
(2D –SDS-PAGE)
L’électrophorèse bi dimensionnelle sur gel (2D-SDS-PAGE ou gel 2D) est la seule méthode
actuellement disponible pour la séparation simultanée de milliers de protéines (Ballihaut,
2007)
Les protéines sont séparées suivant une première dimension en fonction de leur charge nette
par focalisation isoélectrique (IEF) puis suivant une deuxième dimension en fonction de leur
taille moléculaire par SDS-PAGE (figure 16) (Ballihaut, 2007)
Cette technique est appropriée à l’étude des protéines comprises entre 10 et 300 kDa avec un
point isoélectrique compris entre 4 et 10. Introduite dans les années 1970, perfectionnée par
O'Farrell en 1975, cette technique permet aujourd’hui de résoudre jusqu’à 5000 protéines
simultanément avec une grande reproductibilité (2000 protéines en routine) (Ballihaut, 2007).
Les limites de cette technique sont les mêmes qu’en IEF. Les protéines membranaires et
basiques sont largement sous-représentées sur les gels 2D en raison de problèmes
d’extraction et de solubilisation pour l’IEF. Aussi, en raison de la grande diversité des
protéines, la résolution des gels 2D n’est pas toujours suffisante pour les séparer efficacement
et la co-migration de plusieurs protéines par spot n’est pas rare. La gamme dynamique
maximale visible sur gel 2D est de 104 au maximum. Or dans certains échantillons comme le
sérum, la gamme dynamique peut atteindre 109. Des méthodes de pré-fractionnement sont
donc nécessaires afin de visualiser les protéines minoritaires (Ballihaut, 2007).
Le SDS-PAGE est de nos jours utilisé en routine principalement pour:
-estimer la taille des protéines.
-établir la pureté d’une protéine.
-quantifier les protéines.
-contrôler l’intégrité protéique.
-comparer le contenu protéique de différents échantillons.
-analyser la taille et le nombre des sous-unités protéique.
-établir des cartes 2D (Ballihaut, 2007).
La dénaturation des protéines entraîne la perte de leur activité enzymatique ce qui oblige
parfois à avoir recours à l’électrophorèse de zone non dénaturante plus délicate à utiliser et
presque toujours moins résolutive (Ballihaut, 2007).
Electrophorèse bidimensionnelle de protéines sur gel de polyacrylamide
(2D –SDS-PAGE)
L’électrophorèse bi dimensionnelle sur gel (2D-SDS-PAGE ou gel 2D) est la seule méthode
actuellement disponible pour la séparation simultanée de milliers de protéines (Ballihaut,
2007)
Les protéines sont séparées suivant une première dimension en fonction de leur charge nette
par focalisation isoélectrique (IEF) puis suivant une deuxième dimension en fonction de leur
taille moléculaire par SDS-PAGE (figure 16) (Ballihaut, 2007)
Cette technique est appropriée à l’étude des protéines comprises entre 10 et 300 kDa avec un
point isoélectrique compris entre 4 et 10. Introduite dans les années 1970, perfectionnée par
O'Farrell en 1975, cette technique permet aujourd’hui de résoudre jusqu’à 5000 protéines
simultanément avec une grande reproductibilité (2000 protéines en routine) (Ballihaut, 2007).
Les limites de cette technique sont les mêmes qu’en IEF. Les protéines membranaires et
basiques sont largement sous-représentées sur les gels 2D en raison de problèmes
d’extraction et de solubilisation pour l’IEF. Aussi, en raison de la grande diversité des
protéines, la résolution des gels 2D n’est pas toujours suffisante pour les séparer efficacement
et la co-migration de plusieurs protéines par spot n’est pas rare. La gamme dynamique
maximale visible sur gel 2D est de 104 au maximum. Or dans certains échantillons comme le
sérum, la gamme dynamique peut atteindre 109. Des méthodes de pré-fractionnement sont
donc nécessaires afin de visualiser les protéines minoritaires (Ballihaut, 2007).