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Le logiciel R
Les notions th´ eoriques sont agr´ ement´ ees de nombreux exemples et ´ egalement
parsem´ ees de pauses invitant `
a pratiquer directement sur l’ordinateur ce qui a
´ et´ e vu. Chaque chapitre se termine enfin par une partie de contrˆ ole de l’acquisition des connaissances sous la forme d’un encadr´ e de termes ` a retenir, suivie
d’une section d’exercices th´ eoriques ` a faire sur feuille, et pouvant servir de
questions ` a un examen sur table. Une fiche de travaux pratiques est ´ egalement
fournie en fin de chapitre. Celle-ci permet de v´ erifier que les comp´ etences pratiques ont bien ´ et´ e assimil´ ees. Notez que les exercices et les travaux pratiques
doivent ˆ etre trait´ es uniquement avec les notions apprises dans les chapitres pr´ ec´ edents.
La trame s´ equentielle du livre se d´ eroule comme suit. Apr` es une br` eve introduction destin´ ee ` a mettre le lecteur en app´ etit, et la pr´ esentation de quelques
jeux de donn´ ees qui seront exploit´ es tout au long de l’ouvrage pour illustrer
l’utilisation de R, la premi` ere partie du livre est ensuite d´ edi´ ee ` a l’apprentissage
des concepts principaux du logiciel R : organisation des donn´ ees, importation
et exportation, manipulations diverses, acc` es ` a la documentation, repr´ esentations graphiques, programmation et maintenance. Cette partie consiste donc ` a
« faire ses gammes » sur R.
La seconde partie du livre est consacr´ ee ` a l’utilisation du logiciel R dans
quelques contextes math´ ematiques et statistiques. Cette partie devrait ˆ etre lue
apr` es les chapitres de la premi` ere partie, mais elle devrait tout de mˆ eme se
r´ ev´ eler accessible aux utilisateurs poss´ edant d´ ej` a quelques notions de R. Elle
contient les instructions R n´ ecessaires pour quelques-uns des principaux cours
de statistique et de math´ ematiques jusqu’` a la licence (couvrant par exemple le
programme en IUT de statistique et informatique d´ ecisionnelle en France) : calcul matriciel, int´ egration, optimisation, statistiques descriptives, simulations,
intervalles de confiance et tests d’hypoth` eses, r´ egression lin´ eaire simple et multiple, analyse de la variance.
Notons enfin que chaque chapitre de statistique dans la seconde partie s’appuie sur un ou plusieurs jeux de donn´ ees r´ eelles, gracieusement mis `
a disposition
par l’ISPED (Institut de sant´ e publique, d’´ epid´ emiologie et de d´ eveloppement
de Bordeaux) et pr´ esent´ es en d´ ebut d’ouvrage, qui en rendent ainsi l’apprentissage plus concret et plus attractif. Nous en profitons pour remercier particuli` erement toute l’´ equipe p´ edagogique du master de sant´ e publique de l’ISPED. Ces
donn´ ees, ainsi que plusieurs fonctions d´ evelopp´ ees sp´ ecialement pour le livre, et
qui y sont pr´ esent´ ees ou utilis´ ees, sont disponibles dans un package R associ´ e `
a
l’ouvrage qui s’appelle LeLogicielR. Nous remercions ´ egalement Mohamed El
Methni et Taghi Barumandzadeh pour le mat´ eriel qu’ils nous ont fourni dans
la r´ edaction du chapitre sur l’ANOVA.
Le logiciel R
Les notions th´ eoriques sont agr´ ement´ ees de nombreux exemples et ´ egalement
parsem´ ees de pauses invitant `
a pratiquer directement sur l’ordinateur ce qui a
´ et´ e vu. Chaque chapitre se termine enfin par une partie de contrˆ ole de l’acquisition des connaissances sous la forme d’un encadr´ e de termes ` a retenir, suivie
d’une section d’exercices th´ eoriques ` a faire sur feuille, et pouvant servir de
questions ` a un examen sur table. Une fiche de travaux pratiques est ´ egalement
fournie en fin de chapitre. Celle-ci permet de v´ erifier que les comp´ etences pratiques ont bien ´ et´ e assimil´ ees. Notez que les exercices et les travaux pratiques
doivent ˆ etre trait´ es uniquement avec les notions apprises dans les chapitres pr´ ec´ edents.
La trame s´ equentielle du livre se d´ eroule comme suit. Apr` es une br` eve introduction destin´ ee ` a mettre le lecteur en app´ etit, et la pr´ esentation de quelques
jeux de donn´ ees qui seront exploit´ es tout au long de l’ouvrage pour illustrer
l’utilisation de R, la premi` ere partie du livre est ensuite d´ edi´ ee ` a l’apprentissage
des concepts principaux du logiciel R : organisation des donn´ ees, importation
et exportation, manipulations diverses, acc` es ` a la documentation, repr´ esentations graphiques, programmation et maintenance. Cette partie consiste donc ` a
« faire ses gammes » sur R.
La seconde partie du livre est consacr´ ee ` a l’utilisation du logiciel R dans
quelques contextes math´ ematiques et statistiques. Cette partie devrait ˆ etre lue
apr` es les chapitres de la premi` ere partie, mais elle devrait tout de mˆ eme se
r´ ev´ eler accessible aux utilisateurs poss´ edant d´ ej` a quelques notions de R. Elle
contient les instructions R n´ ecessaires pour quelques-uns des principaux cours
de statistique et de math´ ematiques jusqu’` a la licence (couvrant par exemple le
programme en IUT de statistique et informatique d´ ecisionnelle en France) : calcul matriciel, int´ egration, optimisation, statistiques descriptives, simulations,
intervalles de confiance et tests d’hypoth` eses, r´ egression lin´ eaire simple et multiple, analyse de la variance.
Notons enfin que chaque chapitre de statistique dans la seconde partie s’appuie sur un ou plusieurs jeux de donn´ ees r´ eelles, gracieusement mis `
a disposition
par l’ISPED (Institut de sant´ e publique, d’´ epid´ emiologie et de d´ eveloppement
de Bordeaux) et pr´ esent´ es en d´ ebut d’ouvrage, qui en rendent ainsi l’apprentissage plus concret et plus attractif. Nous en profitons pour remercier particuli` erement toute l’´ equipe p´ edagogique du master de sant´ e publique de l’ISPED. Ces
donn´ ees, ainsi que plusieurs fonctions d´ evelopp´ ees sp´ ecialement pour le livre, et
qui y sont pr´ esent´ ees ou utilis´ ees, sont disponibles dans un package R associ´ e `
a
l’ouvrage qui s’appelle LeLogicielR. Nous remercions ´ egalement Mohamed El
Methni et Taghi Barumandzadeh pour le mat´ eriel qu’ils nous ont fourni dans
la r´ edaction du chapitre sur l’ANOVA.