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Complexes macrocycliques. Cryptates
2.2 ÉLÉMENTS STRUCTURAUX
2.2.1 Peptides (70)
Les éléments structuraux des peptides sont les amino-acides.
Du fait de l’existence de deux formes résonantes (Fig. 2.la), la liaison
peptidique présente diverses caractéristiques bien connues : elle possède un
caractère de double liaison marqué, ce qui se traduit par une forte restriction
à la rotation (barrière de rotation - 20 kcal/mol); elle est essentiellement
plane: la conformation trans est la plus stable (d’environ 8 kcal/mol)
(Fig. 2.lb).
O,\
/ H
0%
,Cdchaîne
C-N,
C-N,
’
H
161
chaîne- t,
&-haine
chaine -h
CIS
trans
Figure 2.1
liaison peptidique (b).
Liaison amide de type peptidique (a) et conformations cis et trans de la
La proline présente des propriétés particulières et importantes : a) la
rotation autour de la liaison N-Ca (prise dans un cycle à 5 atomes) est très
restreinte: de ce fait, la proline est relativement rigide et présente une mobilité
conformationnelle limitée: b) la différence d’énergie entre les formes trans
et cis de la liaison peptidique formée avec la proline est faible (Fig. 2.2).
CIS
trans
Figure 2.2 Conformations cis et trans de la liaison peptidique formée avec la proline.
Ce dernier point explique la présence fréquente de ce résidu dans les zones
de changement de direction des protéines. La glycine, non substituée sur le
carbone, est aussi abondante dans ces parties de la protéine.