L’exemple suivant démontre comment il est possible d’élucider la séquence d’un
peptide inconnu à l’aide des méthodes vues jusqu’à présent.
Exemple 6.11
Déterminez la séquence d’un peptide inconnu à partir des résultats suivants :
Produits de l’hydrolyse acide : Arg, Leu, Lys, Met, Phe, Trp, Tyr, Val
Traitement par la carboxypeptidase Y : libération de Tyr
Traitement par le réactif d’Edman : libération de PHTOTrp
Le clivage par le BrCN fournit deux peptides constitués des acides aminés suivants :
a) Arg, Leu, Met, Trp
b) Lys, Phe, Tyr, Val
L’hydrolyse par la trypsine fournit deux peptides et un acide aminé :
c) Arg, Leu, Trp
d) Lys, Met, Phe, Val
e) Tyr
L’hydrolyse par la chymotrypsine fournit deux peptides et un acide aminé :
f) Lys, Tyr
g) Arg, Leu, Met, Phe, Val
h) Trp
Solution
L’hydrolyse acide permet d’afrmer que le peptide inconnu est un octapeptide. Le
traitement par la carboxypeptidase indique que l’acide aminé C-terminal est Tyr, alors que
le traitement par le réactif d’Edman permet d’identier l’acide aminé N-terminal comme
étant Trp.
TrpO
O O
O
O O
OTyr
Le traitement au BrCN clive à l’extrémité C-terminale (à droite) de Met. Le tétrapeptide A
contient un Trp (acide aminé N-terminal) ainsi qu’une Met. La Met doit nécessairement se
situer à l’extrémité C-terminale (soit en position 4 du peptide), ce qui laisse Arg et Leu aux
positions 2 ou 3.
TrpO(Arg ?)O(Leu ?)OMetO O
O
OTyr
Pour le tétrapeptide B, le Tyr est l’acide aminé C-terminal, ce qui laisse Lys, Phe et Val aux
positions 5 ou 6 ou 7.
TrpO(Arg ?)O(Leu ?)OMetO(Lys ?)O(Phe ?)O(Val ?)OTyr
La trypsine clive à l’extrémité C-terminale (à droite) de Arg et de Lys. Le tripeptide C
contient l’acide aminé N-terminal Trp ainsi qu’une Arg, ce qui positionne celle-ci en
position 3 sur le peptide, et donc Leu en position 2.
TrpOLeuOArgOMetO(Lys ?)O(Phe ?)O(Val ?)OTyr
La trypsine fournit le tétrapeptide D contenant une Lys ainsi que l’acide aminé C-terminal
Tyr. La Lys doit donc être en position 7 (avant Tyr), ce qui laisse Phe et Val aux positions
5 ou 6.
TrpOLeuOArgOMetO(Phe ?)O(Val ?)OLysOTyr
La chymotrypsine clive à l’extrémité C-terminale (à droite) de Phe, Trp et Tyr. Cette enzyme
fournit le pentapeptide G contenant une Phe, ce qui permet de déduire que Phe est à
l’extrémité C-terminale. Étant donné que cette enzyme fournit aussi le dipeptide Lys-Tyr,
soit la n du peptide, la Phe doit nécessairement être située en position 6, avant Lys. Cela
permet automatiquement de positionner Val en position 5. L’octapeptide inconnu a donc la
structure nale suivante :
TrpOLeuOArgOMetOValOPheOLysOTyr
6.7 Propriétés physiques des peptides et des protéines
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