Diagnostic moléculaire des tumeurs solides 41
sporadique. Elles sont diploïdes avec peu ou pas de pertes alléliques [2]. Les
mutations des gènes TP53 et APC sont rares. La mutation V600E de
C
BRAF est
présente chez 70 % des tumeurs MSI+ sporadiques mais complètement absente
en cas de syndrome de Lynch. La mauvaise correction par le système MMR des
erreurs produites par l’ADN polymérase au cours de la réplication se retrouve
essentiellement au sein des microsatellites qui sont des séquences nucléotidiques
hautement répétitives (telles que A n ou CA n ) réparties uniformément sur l’ensemble du génome, entraînant un allongement ou un raccourcissement de leur
longueur. Certaines de ces séquences répétitives sont présentes dans les exons de
gènes impliqués dans des voies de contrôle du cycle cellulaire, dans l’inhibition
de la prolifération, dans l’apoptose et codant pour des facteurs de transcription :
TGF` F F R2
` , IGF2R, PTEN, E2F4, 4 4 BAX, X X CASP5, CDX2, TCF4, 4 4 ACVR2 et également MSH3 et MSH6, ce qui ne fait qu’accélérer l’accumulation de mutations.
6 6
Le dysfonctionnement du système MMR provoque alors un décalage du cadre
de lecture et une protéine tronquée, inactive.
Plus récemment, en plus de ces deux formes prédominantes, un troisième phénotype a été individualisé chez environ 20 % des CCR, avec des tumeurs caractérisées par une hyperméthylation de l’ADN au niveau des îlots CpG de la région
promotrice des gènes ou phénotype CIMP+ (pour CpG island methylation phenotype) [3]. Les îlots CpG qui sont des régions riches en dinucléotides CpG sont
e
présents dans la région 5’ d’environ 60 % des gènes et normalement maintenus
dans un état peu méthylé. Ce phénomène épigénétique, provoqué par l’action des
ADN méthyltransférases qui catalysent le transfert d’un groupe méthyle (-CH3)
de la S-adénosylméthionine sur des résidus cytosines en position C5, entraîne une
désacétylation des histones, une condensation de la chromatine et au final une
extinction transcriptionnelle en empêchant l’accès des facteurs transcriptionnels à
l’ADN compacté. Plusieurs gènes suppresseurs de tumeur peuvent être ainsi inactivés, comme MGMT, T T CDKN2A/p16 INKa
6 6
, CDKN2A/p14 ARF
4 4 , RUNX3, TIMP3,
NEUROG1, SOCS1, HLTF et
F PRDM2, impliqués dans l’apoptose, l’adhésion
cellulaire, le cycle cellulaire, la réparation de l’ADN, la transduction du signal et
la structure de la chromatine. La fréquence de ce phénotype varie en fonction des
études du fait de l’absence de panel standard pour considérer une tumeur comme
ayant un phénotype méthylateur. Par ailleurs, la séparation entre ces trois phénotypes n’est pas totale et les tumeurs présentent en pratique un double phénotype.
En particulier, certaines ont un phénotype MSI+/CIMP+ en cas d’hyperméthy- y y
lation du gène MLH1 [4] et les tumeurs survenant dans le cadre d’un syndrome
de Lynch sont de phénotype MSI+/CIMP–. De la même manière, les tumeurs
LOH+ et MSI+ ne sont pas mutuellement exclusives et les tumeurs MSI+ sporadiques présentent un certain degré d’instabilité chromosomique [2].
Dans le but d’améliorer cette classification « historique » des CCR, une étude
a caractérisé 97 tumeurs en analysant et en combinant certaines particularités
génétiques (statut mutationnel de KRAS, S S BRAF, F F TP53, statut MSI+) et épigénétiques (phénotype méthylateur CIMP+) [5]. Avec une approche dite non supervisée (un clustering hiérarchique), qui consistait à classer les tumeurs en fonction
sporadique. Elles sont diploïdes avec peu ou pas de pertes alléliques [2]. Les
mutations des gènes TP53 et APC sont rares. La mutation V600E de
C
BRAF est
présente chez 70 % des tumeurs MSI+ sporadiques mais complètement absente
en cas de syndrome de Lynch. La mauvaise correction par le système MMR des
erreurs produites par l’ADN polymérase au cours de la réplication se retrouve
essentiellement au sein des microsatellites qui sont des séquences nucléotidiques
hautement répétitives (telles que A n ou CA n ) réparties uniformément sur l’ensemble du génome, entraînant un allongement ou un raccourcissement de leur
longueur. Certaines de ces séquences répétitives sont présentes dans les exons de
gènes impliqués dans des voies de contrôle du cycle cellulaire, dans l’inhibition
de la prolifération, dans l’apoptose et codant pour des facteurs de transcription :
TGF` F F R2
` , IGF2R, PTEN, E2F4, 4 4 BAX, X X CASP5, CDX2, TCF4, 4 4 ACVR2 et également MSH3 et MSH6, ce qui ne fait qu’accélérer l’accumulation de mutations.
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Le dysfonctionnement du système MMR provoque alors un décalage du cadre
de lecture et une protéine tronquée, inactive.
Plus récemment, en plus de ces deux formes prédominantes, un troisième phénotype a été individualisé chez environ 20 % des CCR, avec des tumeurs caractérisées par une hyperméthylation de l’ADN au niveau des îlots CpG de la région
promotrice des gènes ou phénotype CIMP+ (pour CpG island methylation phenotype) [3]. Les îlots CpG qui sont des régions riches en dinucléotides CpG sont
e
présents dans la région 5’ d’environ 60 % des gènes et normalement maintenus
dans un état peu méthylé. Ce phénomène épigénétique, provoqué par l’action des
ADN méthyltransférases qui catalysent le transfert d’un groupe méthyle (-CH3)
de la S-adénosylméthionine sur des résidus cytosines en position C5, entraîne une
désacétylation des histones, une condensation de la chromatine et au final une
extinction transcriptionnelle en empêchant l’accès des facteurs transcriptionnels à
l’ADN compacté. Plusieurs gènes suppresseurs de tumeur peuvent être ainsi inactivés, comme MGMT, T T CDKN2A/p16 INKa
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, CDKN2A/p14 ARF
4 4 , RUNX3, TIMP3,
NEUROG1, SOCS1, HLTF et
F PRDM2, impliqués dans l’apoptose, l’adhésion
cellulaire, le cycle cellulaire, la réparation de l’ADN, la transduction du signal et
la structure de la chromatine. La fréquence de ce phénotype varie en fonction des
études du fait de l’absence de panel standard pour considérer une tumeur comme
ayant un phénotype méthylateur. Par ailleurs, la séparation entre ces trois phénotypes n’est pas totale et les tumeurs présentent en pratique un double phénotype.
En particulier, certaines ont un phénotype MSI+/CIMP+ en cas d’hyperméthy- y y
lation du gène MLH1 [4] et les tumeurs survenant dans le cadre d’un syndrome
de Lynch sont de phénotype MSI+/CIMP–. De la même manière, les tumeurs
LOH+ et MSI+ ne sont pas mutuellement exclusives et les tumeurs MSI+ sporadiques présentent un certain degré d’instabilité chromosomique [2].
Dans le but d’améliorer cette classification « historique » des CCR, une étude
a caractérisé 97 tumeurs en analysant et en combinant certaines particularités
génétiques (statut mutationnel de KRAS, S S BRAF, F F TP53, statut MSI+) et épigénétiques (phénotype méthylateur CIMP+) [5]. Avec une approche dite non supervisée (un clustering hiérarchique), qui consistait à classer les tumeurs en fonction