La représentation des données des patients dans un système d’information de santé
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– soit automatiquement, en utilisant les méthodes Traitement Automatique du Langage Naturel (TALN). Elles permettent d’exploiter automatiquement des données non structurées, soit afin de les annoter, soit
dans l’objectif de les encoder automatiquement en éléments de données
semi-structurés ou structurées. Malheureusement ces méthodes trouvent
actuellement leurs limites quand il s’agit de traiter des données complexes,
ambiguës ou polysémiques (emploi d’un mot possédant plusieurs sens,
ex. : IVG peut signifier Insuffisance Ventriculaire Gauche ou Interruption
Volontaire de grossesse).
En cas d’information clinique collectée sous forme structurée, grâce à un questionnaire, par exemple, les questions (attributs) et les réponses possibles à ces
questions (valeurs) peuvent être codées (annotées sémantiquement). Dans ce
cas, le « codage » des données est transparent pour l’auteur.
Sur le plan technique, la valeur d’un élément de donnée de type « donnée
codée » (« Concept Descriptor » ou CD), comme par exemple « infarctus du
myocarde », est représentée dans le DPI non seulement par son libellé (displayName = « Acute myocardial infarction ») mais également par son code (I21)
dans un système de codage dont le nom et la version sont explicités (codeSystem = 2.16.840.1.113883.6.3 – SystemName = CIM-10) et éventuellement
par l’expression originelle qui a servi de base au codage, ce qui permet de
préserver le sens de la donnée avant codage.
Place du contexte dans la représentation des données
Dans le dossier patient, la représentation du contexte dans lequel se situe une
donnée est capitale pour son interprétation. Quel que soit le caractère formel
de la structuration utilisée, les données patients sont généralement hiérarchiquement organisées et « emboîtées » les unes par rapport aux autres. C’est cette
structuration qui permet d’exprimer le contexte.
Certaines données médicales peuvent être très intriquées et interdépendantes.
Par exemple, un examen bactériologique des urines positif fait référence aux
germes trouvés sur les milieux de culture. Chaque germe est testé par un antibiogramme faisant référence à une liste d’antibiotiques et des valeurs de résistance.
Les informations de contexte indispensables à l’interprétation des données de
santé sont de différents types.
– Le contexte « compositionnel » fait référence au positionnement relatif
d’une donnée par rapport aux autres dans le dossier. Par exemple, si elle
est fournie seule, l’information « angines récurrentes » n’a pas de sens. En
effet, s’agit-il du diagnostic du patient ou d’un de ses antécédents ? C’est
parce qu’elle est positionnée dans un champ ou une rubrique explicite,
que cette donnée est contextualisée et devient explicite.
– Le contexte éthique et médico-légal véhicule les informations importantes
que sont l’auteur de la donnée, son rôle et sa responsabilité, l’institution
et le service concerné, la date de saisie, ou de contrôle ou de réalisation et
la version de la donnée.
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– soit automatiquement, en utilisant les méthodes Traitement Automatique du Langage Naturel (TALN). Elles permettent d’exploiter automatiquement des données non structurées, soit afin de les annoter, soit
dans l’objectif de les encoder automatiquement en éléments de données
semi-structurés ou structurées. Malheureusement ces méthodes trouvent
actuellement leurs limites quand il s’agit de traiter des données complexes,
ambiguës ou polysémiques (emploi d’un mot possédant plusieurs sens,
ex. : IVG peut signifier Insuffisance Ventriculaire Gauche ou Interruption
Volontaire de grossesse).
En cas d’information clinique collectée sous forme structurée, grâce à un questionnaire, par exemple, les questions (attributs) et les réponses possibles à ces
questions (valeurs) peuvent être codées (annotées sémantiquement). Dans ce
cas, le « codage » des données est transparent pour l’auteur.
Sur le plan technique, la valeur d’un élément de donnée de type « donnée
codée » (« Concept Descriptor » ou CD), comme par exemple « infarctus du
myocarde », est représentée dans le DPI non seulement par son libellé (displayName = « Acute myocardial infarction ») mais également par son code (I21)
dans un système de codage dont le nom et la version sont explicités (codeSystem = 2.16.840.1.113883.6.3 – SystemName = CIM-10) et éventuellement
par l’expression originelle qui a servi de base au codage, ce qui permet de
préserver le sens de la donnée avant codage.
Place du contexte dans la représentation des données
Dans le dossier patient, la représentation du contexte dans lequel se situe une
donnée est capitale pour son interprétation. Quel que soit le caractère formel
de la structuration utilisée, les données patients sont généralement hiérarchiquement organisées et « emboîtées » les unes par rapport aux autres. C’est cette
structuration qui permet d’exprimer le contexte.
Certaines données médicales peuvent être très intriquées et interdépendantes.
Par exemple, un examen bactériologique des urines positif fait référence aux
germes trouvés sur les milieux de culture. Chaque germe est testé par un antibiogramme faisant référence à une liste d’antibiotiques et des valeurs de résistance.
Les informations de contexte indispensables à l’interprétation des données de
santé sont de différents types.
– Le contexte « compositionnel » fait référence au positionnement relatif
d’une donnée par rapport aux autres dans le dossier. Par exemple, si elle
est fournie seule, l’information « angines récurrentes » n’a pas de sens. En
effet, s’agit-il du diagnostic du patient ou d’un de ses antécédents ? C’est
parce qu’elle est positionnée dans un champ ou une rubrique explicite,
que cette donnée est contextualisée et devient explicite.
– Le contexte éthique et médico-légal véhicule les informations importantes
que sont l’auteur de la donnée, son rôle et sa responsabilité, l’institution
et le service concerné, la date de saisie, ou de contrôle ou de réalisation et
la version de la donnée.