484
Informatique médicale, e-Santé
ou plusieurs sources de données-patient pour déterminer la sensibilité et l’efficacité des critères d’éligibilité, c’est-à-dire la variation du nombre de patients
répondant au critère en fonction du changement de seuil (par exemple nombre
d’hommes diabétiques d’âge supérieur à 45 ans, 50 ans ou 55 ans).
I2b2/SHRINE (plateforme internationale)
/ /
I2b2 (« Informatics for Integrating Biology and the Bedside ») est une
plateforme d’informatique de recherche clinique permettant la constitution
et l’interrogation d’un entrepôt de données cliniques (fig. 5). Cette plateforme
initialement développée aux États-Unis par le Massachussetts Institute of
Technology (MIT) et l’Université de Harvard (Boston) et financée par le NIH
est basée sur une architecture modulaire orientée services. Cette plateforme
libre a été adoptée par une large communauté d’utilisateurs aux États-Unis et
en Europe constituée d’hôpitaux mais également d’industries pharmaceutiques
et de vendeurs de SI cliniques.
Ainsi, I2b2 permet d’accéder facilement à des données structurées (données
démographiques, diagnostics, résultats d’examens biologiques, observations
médicales, etc.) codées en utilisant une ou plusieurs terminologies de référence.
Les documents médicaux en texte libre (comptes rendus d’hospitalisation,
opératoires, d’anatomie pathologique, etc.) sont des sources d’information
médicales complètes mais très difficiles à intégrer avec d’autres données. Par
conséquent, de nombreuses recherches sont effectuées pour concevoir des
algorithmes qui permettent l’extraction des données cibles provenant de zones
de texte libre et fournissent des marqueurs valides et fiables de la présence de
maladies particulières.
La plateforme SHRINE (« Shared Health Research Information Network »)
étend la plateforme I2b2 en fournissant un outil d’interrogation d’entrepôts de
données multiples et permet ainsi de fédérer les résultats d’interrogation. Des
réseaux SHRINE ont été constitués aux États-Unis et en Europe.
Roogle (Rennes, France)
Le projet Roogle développé à l’Université de Rennes fournit des outils
de recherche d’information adaptés aux données non structurées de types
comptes rendus qui représentent une source d’information extrêmement
intéressante dans un contexte de recherche biomédicale. Roogle, destiné en
général aux cliniciens et en particulier aux imageurs, permet d’interroger un
entrepôt de données constitué de comptes rendus, notamment d’imagerie
conventionnelle, fonctionnelle et isotopique et d’entêtes DICOM des dossiers
d’imagerie correspondant provenant de deux systèmes hospitaliers différents.
La recherche d’information s’effectue grâce à des méthodes sémantiques
basées sur les métadonnées et des méthodes plein texte (type Google). Les
champs d’application sont la constitution de cohortes et la recherche de bio
marqueurs dans une approche translationnelle, mais également la recherche
de cas spécifiques, l’évaluation des pratiques professionnelles, la démarche
qualité.
Informatique médicale, e-Santé
ou plusieurs sources de données-patient pour déterminer la sensibilité et l’efficacité des critères d’éligibilité, c’est-à-dire la variation du nombre de patients
répondant au critère en fonction du changement de seuil (par exemple nombre
d’hommes diabétiques d’âge supérieur à 45 ans, 50 ans ou 55 ans).
I2b2/SHRINE (plateforme internationale)
/ /
I2b2 (« Informatics for Integrating Biology and the Bedside ») est une
plateforme d’informatique de recherche clinique permettant la constitution
et l’interrogation d’un entrepôt de données cliniques (fig. 5). Cette plateforme
initialement développée aux États-Unis par le Massachussetts Institute of
Technology (MIT) et l’Université de Harvard (Boston) et financée par le NIH
est basée sur une architecture modulaire orientée services. Cette plateforme
libre a été adoptée par une large communauté d’utilisateurs aux États-Unis et
en Europe constituée d’hôpitaux mais également d’industries pharmaceutiques
et de vendeurs de SI cliniques.
Ainsi, I2b2 permet d’accéder facilement à des données structurées (données
démographiques, diagnostics, résultats d’examens biologiques, observations
médicales, etc.) codées en utilisant une ou plusieurs terminologies de référence.
Les documents médicaux en texte libre (comptes rendus d’hospitalisation,
opératoires, d’anatomie pathologique, etc.) sont des sources d’information
médicales complètes mais très difficiles à intégrer avec d’autres données. Par
conséquent, de nombreuses recherches sont effectuées pour concevoir des
algorithmes qui permettent l’extraction des données cibles provenant de zones
de texte libre et fournissent des marqueurs valides et fiables de la présence de
maladies particulières.
La plateforme SHRINE (« Shared Health Research Information Network »)
étend la plateforme I2b2 en fournissant un outil d’interrogation d’entrepôts de
données multiples et permet ainsi de fédérer les résultats d’interrogation. Des
réseaux SHRINE ont été constitués aux États-Unis et en Europe.
Roogle (Rennes, France)
Le projet Roogle développé à l’Université de Rennes fournit des outils
de recherche d’information adaptés aux données non structurées de types
comptes rendus qui représentent une source d’information extrêmement
intéressante dans un contexte de recherche biomédicale. Roogle, destiné en
général aux cliniciens et en particulier aux imageurs, permet d’interroger un
entrepôt de données constitué de comptes rendus, notamment d’imagerie
conventionnelle, fonctionnelle et isotopique et d’entêtes DICOM des dossiers
d’imagerie correspondant provenant de deux systèmes hospitaliers différents.
La recherche d’information s’effectue grâce à des méthodes sémantiques
basées sur les métadonnées et des méthodes plein texte (type Google). Les
champs d’application sont la constitution de cohortes et la recherche de bio
marqueurs dans une approche translationnelle, mais également la recherche
de cas spécifiques, l’évaluation des pratiques professionnelles, la démarche
qualité.