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Y a-t-il une interaction de reconnaissance entre les oligosaccharides et l’ADN ?
18.3 RECONNAISSANCE DU PSEUDO-TÉTRASACCHARIDE
PAR L’ADN
La réaction de la calichéamicine avec la double hélice de l’ADN se distingue
de façon significative de celle de son aglycone isolée[”].
18.3.1 Rupture de un ou deux brins
Le substrat est un ADN circulaire << super-enroulé », << forme I », où la double
hélice est refermée sur elle-même par liaisons covalentes. L‘un des ADN grand
cycle utilisé était long de 9 O00 nucléotides. La rupture d’un seul brin produit la
<< forme II », ou entaillée, et la rupture sur chaque brin, en des sites proches, la
<< forme III », linéaire (Fig. 18.2). On sait séparer et doser ces trois formes par
électrophorèse sur gel. Avec la calichéamicine, en début de réaction, le rapport
rupture de deux brins sur rupture d’un seul brin est 1:2. Avec la calichéamicinone, ce rapport tombe à 1:30 ; la rupture d’un seul brin prédomine.
I I I
I I
I
Figure 18.2 Représentation schématique des formes I, II et III de l’ADN.
18.3.2 Efficacité comparée
Le même substrat et la même technique permettent de comparer l’efficacité de
la calichéamicine et de son aglycone séparée. En présence d’un thiol réducteur, la
calichéamicine produit déjà une dégradation importante à la concentration
0,7 nM. A la concentration 1,5 pM, il ne subsiste plus que des petits nucléotides.
La calichéamicinone produit une rupture observable à la concentration 13 pM.
18.3.3 Spécificité du site d’attaque
On a reconnu d’emblée que la rupture de chaîne par la calichéamicine avait lieu
au niveau de certains enchaînements de tétranucléotides comme TCCG, TCCT,
GCCT. Pour étudier ceci on a préparé par synthèse le polynucléotide 18.43, à 53
paires de bases, dont on n’a représenté que l’un des brins. Ce polynucléotide
S’-TTTAACCGATCAGAATTCCGGTGCATGCATGCTCCTAAGTGTACGCCTAAGCTTCTT
18.43
Y a-t-il une interaction de reconnaissance entre les oligosaccharides et l’ADN ?
18.3 RECONNAISSANCE DU PSEUDO-TÉTRASACCHARIDE
PAR L’ADN
La réaction de la calichéamicine avec la double hélice de l’ADN se distingue
de façon significative de celle de son aglycone isolée[”].
18.3.1 Rupture de un ou deux brins
Le substrat est un ADN circulaire << super-enroulé », << forme I », où la double
hélice est refermée sur elle-même par liaisons covalentes. L‘un des ADN grand
cycle utilisé était long de 9 O00 nucléotides. La rupture d’un seul brin produit la
<< forme II », ou entaillée, et la rupture sur chaque brin, en des sites proches, la
<< forme III », linéaire (Fig. 18.2). On sait séparer et doser ces trois formes par
électrophorèse sur gel. Avec la calichéamicine, en début de réaction, le rapport
rupture de deux brins sur rupture d’un seul brin est 1:2. Avec la calichéamicinone, ce rapport tombe à 1:30 ; la rupture d’un seul brin prédomine.
I I I
I I
I
Figure 18.2 Représentation schématique des formes I, II et III de l’ADN.
18.3.2 Efficacité comparée
Le même substrat et la même technique permettent de comparer l’efficacité de
la calichéamicine et de son aglycone séparée. En présence d’un thiol réducteur, la
calichéamicine produit déjà une dégradation importante à la concentration
0,7 nM. A la concentration 1,5 pM, il ne subsiste plus que des petits nucléotides.
La calichéamicinone produit une rupture observable à la concentration 13 pM.
18.3.3 Spécificité du site d’attaque
On a reconnu d’emblée que la rupture de chaîne par la calichéamicine avait lieu
au niveau de certains enchaînements de tétranucléotides comme TCCG, TCCT,
GCCT. Pour étudier ceci on a préparé par synthèse le polynucléotide 18.43, à 53
paires de bases, dont on n’a représenté que l’un des brins. Ce polynucléotide
S’-TTTAACCGATCAGAATTCCGGTGCATGCATGCTCCTAAGTGTACGCCTAAGCTTCTT
18.43