Conséquences écologiques
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p h o t o c o p i e n o n
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2.1. Méthodes d’analyse
La description des populations bactériennes nécessite de connaître à la fois
l’identité des espèces en présence ainsi que leur abondance, mais également de
pouvoir estimer leur fonction dans un écosystème donné. Une des difficultés
pour accéder à ces informations provient du fait que seules 0,01 % à 15 % des
bactéries de l’environnement sont cultivables dans les conditions du laboratoire.
Les techniques de microbiologie classique, qui passent par la mise en culture des
bactéries sur milieu solide, sont donc très utiles pour étudier la fonction de certaines
espèces mais celles-ci ne représentent qu’une faible proportion de la population
réelle. En parallèle, les outils de la biologie moléculaire (amplification en chaîne
d’ADN, séquençage à haut-débit) et de la bio-informatique, vont permettre d’estimer
la diversité globale d’un biotope donné, sans passer par une étape de mise en
culture, grâce à l’utilisation du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S (ADNr
16S) comme marqueur de phylogénie. Plusieurs techniques d’étude de la diversité
moléculaire ont été développées comme le clonage-séquençage, le séquençage
de masse par pyroséquençage, ainsi que les techniques d’empreintes génétiques
telles que la DGGE, la RFLP, l’ARISA, par exemple. À l’heure actuelle, plus de
815000 séquences de gènes d’ARN ribosomaux 16S sont répertoriées et environ
45 000 espèces cultivables sont recensées.
2.2. Effet de pollutions aux métaux et radionucléides
sur la diversité globale
De nombreuses publications décrivent l’analyse de la diversité bactérienne
en milieux pollués mais les systèmes décrits sont très hétérogènes en termes de
pollution et conditions physico-chimiques. 11 s’agit souvent de pollutions multiples
d’origine anthropique (cocktail de métaux, métaux et pH acide, métaux et matière
organique...) aussi bien dans des sols, que des aquifères ou des sédiments . il est
donc assez difficile de comparer les résultats cependant un cet tain nombre de
tendances peuvent être dégagées.
L’effet de la pollution sur la diversité globale des populations bactériennes a
été décrit pour des environnements pollués de façon chronique ou bien sur des
systèmes modèles, pollués pour les besoins de l’étude. Dans la tiès grande majorité des cas, un effet négatif est observé. Dans des systèmes modèles, où 1 on
étudie la réponse à court terme (quelques jours à quelques mois) des populations
suite à une contamination par des métaux toxiques, on observe une diminution de
l’activité des bactéries, de la biomasse ainsi qu'une modification de la structure
des communautés avec un enrichissement progressif de groupes phylogénétiques
mieux adaptés à la présence de toxiques (Reardon et al.,2004; Bamborough et
Cummings, 2008). Dans d’autres systèmes où la contamination par des métaux
toxiques est chronique, l’effet sur les populations est également négatif avec, par
exemple, une diminution de la biomasse et une disparition des taxons minoritaires
après une pollution au Cd, Cu, Ni et Zn (Sandaa et al., 1999), une diminution
Persistante de la biomasse et de l’activité des communautés dans un sol pollue
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2.1. Méthodes d’analyse
La description des populations bactériennes nécessite de connaître à la fois
l’identité des espèces en présence ainsi que leur abondance, mais également de
pouvoir estimer leur fonction dans un écosystème donné. Une des difficultés
pour accéder à ces informations provient du fait que seules 0,01 % à 15 % des
bactéries de l’environnement sont cultivables dans les conditions du laboratoire.
Les techniques de microbiologie classique, qui passent par la mise en culture des
bactéries sur milieu solide, sont donc très utiles pour étudier la fonction de certaines
espèces mais celles-ci ne représentent qu’une faible proportion de la population
réelle. En parallèle, les outils de la biologie moléculaire (amplification en chaîne
d’ADN, séquençage à haut-débit) et de la bio-informatique, vont permettre d’estimer
la diversité globale d’un biotope donné, sans passer par une étape de mise en
culture, grâce à l’utilisation du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S (ADNr
16S) comme marqueur de phylogénie. Plusieurs techniques d’étude de la diversité
moléculaire ont été développées comme le clonage-séquençage, le séquençage
de masse par pyroséquençage, ainsi que les techniques d’empreintes génétiques
telles que la DGGE, la RFLP, l’ARISA, par exemple. À l’heure actuelle, plus de
815000 séquences de gènes d’ARN ribosomaux 16S sont répertoriées et environ
45 000 espèces cultivables sont recensées.
2.2. Effet de pollutions aux métaux et radionucléides
sur la diversité globale
De nombreuses publications décrivent l’analyse de la diversité bactérienne
en milieux pollués mais les systèmes décrits sont très hétérogènes en termes de
pollution et conditions physico-chimiques. 11 s’agit souvent de pollutions multiples
d’origine anthropique (cocktail de métaux, métaux et pH acide, métaux et matière
organique...) aussi bien dans des sols, que des aquifères ou des sédiments . il est
donc assez difficile de comparer les résultats cependant un cet tain nombre de
tendances peuvent être dégagées.
L’effet de la pollution sur la diversité globale des populations bactériennes a
été décrit pour des environnements pollués de façon chronique ou bien sur des
systèmes modèles, pollués pour les besoins de l’étude. Dans la tiès grande majorité des cas, un effet négatif est observé. Dans des systèmes modèles, où 1 on
étudie la réponse à court terme (quelques jours à quelques mois) des populations
suite à une contamination par des métaux toxiques, on observe une diminution de
l’activité des bactéries, de la biomasse ainsi qu'une modification de la structure
des communautés avec un enrichissement progressif de groupes phylogénétiques
mieux adaptés à la présence de toxiques (Reardon et al.,2004; Bamborough et
Cummings, 2008). Dans d’autres systèmes où la contamination par des métaux
toxiques est chronique, l’effet sur les populations est également négatif avec, par
exemple, une diminution de la biomasse et une disparition des taxons minoritaires
après une pollution au Cd, Cu, Ni et Zn (Sandaa et al., 1999), une diminution
Persistante de la biomasse et de l’activité des communautés dans un sol pollue