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Toxicologie nucléaire environnementale et humaine
Dans ce système, le signal enregistré est proportionnel à la concentration et aux
poids moléculaires d’interactants comme des protéines, des lipoprotéines ou des
acides nucléiques. Il est alors possible d’accéder à la stœchiométrie de la réaction.
L’abaissement de la limite de détection a permis la caractérisation de complexes
comportant des partenaires de l’ordre de 100 Da et donc certaines interactions
métal-ligand. Cependant, pour des solutions métalliques pour lesquelles les variations d’indice de réfraction sont très faibles, il est indispensable de vérifier que
le signal mesuré est proportionnel à la concentration de la solution et pour les
dilutions utilisées. C’est le cas pour l’uranyle (270 Da) (Pible et al., 2009). Les
techniques de SPR ont permis de mettre en évidence des interactions mettant en
jeu le cadmium (112 Da), le nickel (59 Da), le zinc (65 Da) le mercure ou l’uranyle
avec des protéines immobilisées (Wu et Lin 2004; Wu et Lin, 2005; Zhang et al.,
2007 ; Reisser-Rubrecht et al., 2008) ou des peptides (Chah et al., 2004).
1«4. Modélisation moléculaire
raies en produham m°léculaire relie les approches expérimentales et structuitératif hypothèses-exnmodèles tridimensionnels à partir d’un processus
les méthodes ab initin^t^^
existe deux grandes voies de modélisation:
Bystroff, 2008).
methodes comparatives (Sternberg, 1996; Zaki et
des principes nrernipr° Per. met de modéliser la structure d’une protéine à partir
repliement des protéine^ ne sonPt7SlqUe’ Malheureusement, les lois régissant le
consiste à prédire un
a
ouJours pas décrites. En pratique cette approche
celles qui répondent à d
æ
structures putatives, à les trier et choisir
natives. De grande
'CS CrKeres structuraux correspondant à des protéines
sous l’impulsion d’un
rdadsds dans ce domaine dans les années 2000
pratiquant la modélisatin UVe.ment ,egroupant toute la communauté internationale
structure prediction) (Moult X
(cnt/caI assessment of protein
prédiction ab initio de st
’
H existe des serveurs web dédiés a la
robetta.bakerlab om/t Pt i Tæ LHesde Pr°téines, comme les sites Robetta (http:/
La méthode de mo
(httP^hang.bioinformatics.ku.edu/LTASSER/).
initio, repose sur l’observa^00 C0mparative? plus précise que les méthodes ab *
est plus conservée que
^Ue
structure tridimensionnelle d’une protéine j
de six étapes incluant la rechpreh^j’Cette méthode comporte une succession j
structure 3D connue) l’ali
æ d Un rePliement connu (protéine parente de ■
de la protéine cible, le trannJeme? * entre les séquences des protéines parentes et ;
la protéine cible, le remnia05
U sclue'ette Peptidique de la protéine parente à •
tiens et des délétions et ^Cei?enl des chaînes latérales, la construction des inser- -
limitation de cette aporoeh
i,oPtimisation et l’affinement du modèle. La j
suffisamment proche En pfT æ5* e dans
connaissance d’un repliement connu £ «
nibles dans les bases dp Hn ° ’ t0Utes 'es familles de protéines ne sont pas dispo- j
relatives aux protéines mpmhneeS-StrUCtUrales’ car d existe un déficit de données ;
membrana.res ou de grande taille (> 600 résidus).
Toxicologie nucléaire environnementale et humaine
Dans ce système, le signal enregistré est proportionnel à la concentration et aux
poids moléculaires d’interactants comme des protéines, des lipoprotéines ou des
acides nucléiques. Il est alors possible d’accéder à la stœchiométrie de la réaction.
L’abaissement de la limite de détection a permis la caractérisation de complexes
comportant des partenaires de l’ordre de 100 Da et donc certaines interactions
métal-ligand. Cependant, pour des solutions métalliques pour lesquelles les variations d’indice de réfraction sont très faibles, il est indispensable de vérifier que
le signal mesuré est proportionnel à la concentration de la solution et pour les
dilutions utilisées. C’est le cas pour l’uranyle (270 Da) (Pible et al., 2009). Les
techniques de SPR ont permis de mettre en évidence des interactions mettant en
jeu le cadmium (112 Da), le nickel (59 Da), le zinc (65 Da) le mercure ou l’uranyle
avec des protéines immobilisées (Wu et Lin 2004; Wu et Lin, 2005; Zhang et al.,
2007 ; Reisser-Rubrecht et al., 2008) ou des peptides (Chah et al., 2004).
1«4. Modélisation moléculaire
raies en produham m°léculaire relie les approches expérimentales et structuitératif hypothèses-exnmodèles tridimensionnels à partir d’un processus
les méthodes ab initin^t^^
existe deux grandes voies de modélisation:
Bystroff, 2008).
methodes comparatives (Sternberg, 1996; Zaki et
des principes nrernipr° Per. met de modéliser la structure d’une protéine à partir
repliement des protéine^ ne sonPt7SlqUe’ Malheureusement, les lois régissant le
consiste à prédire un
a
ouJours pas décrites. En pratique cette approche
celles qui répondent à d
æ
structures putatives, à les trier et choisir
natives. De grande
'CS CrKeres structuraux correspondant à des protéines
sous l’impulsion d’un
rdadsds dans ce domaine dans les années 2000
pratiquant la modélisatin UVe.ment ,egroupant toute la communauté internationale
structure prediction) (Moult X
(cnt/caI assessment of protein
prédiction ab initio de st
’
H existe des serveurs web dédiés a la
robetta.bakerlab om/t Pt i Tæ LHesde Pr°téines, comme les sites Robetta (http:/
La méthode de mo
(httP^hang.bioinformatics.ku.edu/LTASSER/).
initio, repose sur l’observa^00 C0mparative? plus précise que les méthodes ab *
est plus conservée que
^Ue
structure tridimensionnelle d’une protéine j
de six étapes incluant la rechpreh^j’Cette méthode comporte une succession j
structure 3D connue) l’ali
æ d Un rePliement connu (protéine parente de ■
de la protéine cible, le trannJeme? * entre les séquences des protéines parentes et ;
la protéine cible, le remnia05
U sclue'ette Peptidique de la protéine parente à •
tiens et des délétions et ^Cei?enl des chaînes latérales, la construction des inser- -
limitation de cette aporoeh
i,oPtimisation et l’affinement du modèle. La j
suffisamment proche En pfT æ5* e dans
connaissance d’un repliement connu £ «
nibles dans les bases dp Hn ° ’ t0Utes 'es familles de protéines ne sont pas dispo- j
relatives aux protéines mpmhneeS-StrUCtUrales’ car d existe un déficit de données ;
membrana.res ou de grande taille (> 600 résidus).