des débits inférieurs à 100 m3.s1 (Guezennec et al.,
1999). Des barrages construits bien en amont de Paris
régulent les crues et soutiennent le débit lors des étiages.
Cependant, en période d’étiage, environ la moitié de l’eau
arrivant de l’amont à Poses est une eau ayant transité
par les usines de traitement des eaux usées de la région
parisienne dont l’usine d’Achères. Toujours en étiage
estival près de 30 % du débit du fleuve en aval de Rouen
élevés au niveau mondial, très fort déficit en oxygène
en aval des agglomérations parisiennes et rouennaises
en relation avec la déficience du traitement des eaux
usées. Dans la partie avale, le dysfonctionnement
biologique s’est traduit par un écroulement des pêcheries
notamment celle de la crevette grise, alors que pour la
partie fluviale les pêches professionnelles cessent dans
les années 1970 parallèlement à la quasi-disparition des
Figure 2. Les principales zones de l’ estuaire de Seine (d’après Guézennec et al., 1999)
provient des nappes phréatiques latérales alors que cette
proportion est moindre en période de débit moyen et
en crues. L’estuaire de la Seine représente un territoire
économique majeur pour la France notamment par ses
deux ports maritimes ; il se caractérise par sa situation
à l’exutoire d’un bassin versant de 79000 km2 où se
concentrent 16 millions d’habitants, 50 % du trafic fluvial
français, 40 % de l’activité économique et 30 % de l’activité
agricole nationale. Outre la métropole parisienne qui
contribue fortement aux apports amont (plus de 10 millions
d’habitants), on note la présence de deux agglomérations
majeures riveraines Rouen (400000 habitants) et Le
Havre (400000 habitants) et de deux grands ports : le
Grand Port Maritime de Rouen (GPMR) et le Grand Port
Maritime du Havre (GPMH) (Dauvin, 2006).
L’anthropisation de l’estuaire de la Seine a commencé
très tôt, dès le milieu du 19ème siècle et se poursuit
encore aujourd’hui. L’estuaire connaît une fragilisation
des écosystèmes liée au morcellement extrême des
unités biologiques et la réduction drastique des zones
intertidales avales (perte de plus de 100 km2 entre 1850
et aujourd’hui).
Parallèlement à cet aménagement, les conditions
physico-chimiques du milieu estuarien se sont dégradées
inexorablement pendant plus d’un siècle aboutissant à
un milieu fortement contaminé à la fin des années 1980 :
niveaux de contamination en métaux comme le cadmium,
le mercure, en Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques
(HAP) et en Polychlorobiphényles (PCBs) parmi les plus
poissons migrateurs. Aujourd’hui malgré une amélioration
significative de la qualité des eaux, ce sont les dangers
et risques chimiques (HAP et PCB) et microbiologiques
(présence de produits pharmaceutiques et de bactéries
résistantes aux antibiotiques dans les eaux) qui sont
préoccupants pour la fonctionnalité à long terme de
l’estuaire (Dauvin, 2009).
2. Contraintes naturelles
Le patrimoine biologique estuarien vit dans un milieu
dynamique changeant ; il est un compartiment résistant
et par nature subsistant. Le premier défi est de vivre dans
un milieu à salinité variable : en amont en eau douce, en
aval en eau salée et dans la partie moyenne dans des
eaux à salinité variable. Ceci signifie, d’un point de vue
physiologique, que les animaux sont contraints à supporter
cette variation de salinité qui fluctue non seulement en
fonction du cycle des marées mais aussi en fonction
du débit de la Seine. Le deuxième défi est de supporter
des phases d’immersion et d’émersion dans un régime
macrotidal avec une marée dont le marnage est important
> 8 m à l’embouchure de l’estuaire (Dauvin, 2010).
D’autre part, les animaux vivant dans ces milieux estuariens
macrotidaux sont habitués à vivre dans des milieux
fortement turbides, ainsi qu’à des cycles d’envasement et
d’érosion. Le benthos mais aussi le plancton doivent être
adaptés à ces variations de turbidité qui peuvent être très
fortes. L’expulsion du bouchon vaseux en mer peut être
stressante pour les espèces qui vivent sur le fond, parce
qu’il leur faut s’habituer à ces variations de dépôts et de
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1999). Des barrages construits bien en amont de Paris
régulent les crues et soutiennent le débit lors des étiages.
Cependant, en période d’étiage, environ la moitié de l’eau
arrivant de l’amont à Poses est une eau ayant transité
par les usines de traitement des eaux usées de la région
parisienne dont l’usine d’Achères. Toujours en étiage
estival près de 30 % du débit du fleuve en aval de Rouen
élevés au niveau mondial, très fort déficit en oxygène
en aval des agglomérations parisiennes et rouennaises
en relation avec la déficience du traitement des eaux
usées. Dans la partie avale, le dysfonctionnement
biologique s’est traduit par un écroulement des pêcheries
notamment celle de la crevette grise, alors que pour la
partie fluviale les pêches professionnelles cessent dans
les années 1970 parallèlement à la quasi-disparition des
Figure 2. Les principales zones de l’ estuaire de Seine (d’après Guézennec et al., 1999)
provient des nappes phréatiques latérales alors que cette
proportion est moindre en période de débit moyen et
en crues. L’estuaire de la Seine représente un territoire
économique majeur pour la France notamment par ses
deux ports maritimes ; il se caractérise par sa situation
à l’exutoire d’un bassin versant de 79000 km2 où se
concentrent 16 millions d’habitants, 50 % du trafic fluvial
français, 40 % de l’activité économique et 30 % de l’activité
agricole nationale. Outre la métropole parisienne qui
contribue fortement aux apports amont (plus de 10 millions
d’habitants), on note la présence de deux agglomérations
majeures riveraines Rouen (400000 habitants) et Le
Havre (400000 habitants) et de deux grands ports : le
Grand Port Maritime de Rouen (GPMR) et le Grand Port
Maritime du Havre (GPMH) (Dauvin, 2006).
L’anthropisation de l’estuaire de la Seine a commencé
très tôt, dès le milieu du 19ème siècle et se poursuit
encore aujourd’hui. L’estuaire connaît une fragilisation
des écosystèmes liée au morcellement extrême des
unités biologiques et la réduction drastique des zones
intertidales avales (perte de plus de 100 km2 entre 1850
et aujourd’hui).
Parallèlement à cet aménagement, les conditions
physico-chimiques du milieu estuarien se sont dégradées
inexorablement pendant plus d’un siècle aboutissant à
un milieu fortement contaminé à la fin des années 1980 :
niveaux de contamination en métaux comme le cadmium,
le mercure, en Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques
(HAP) et en Polychlorobiphényles (PCBs) parmi les plus
poissons migrateurs. Aujourd’hui malgré une amélioration
significative de la qualité des eaux, ce sont les dangers
et risques chimiques (HAP et PCB) et microbiologiques
(présence de produits pharmaceutiques et de bactéries
résistantes aux antibiotiques dans les eaux) qui sont
préoccupants pour la fonctionnalité à long terme de
l’estuaire (Dauvin, 2009).
2. Contraintes naturelles
Le patrimoine biologique estuarien vit dans un milieu
dynamique changeant ; il est un compartiment résistant
et par nature subsistant. Le premier défi est de vivre dans
un milieu à salinité variable : en amont en eau douce, en
aval en eau salée et dans la partie moyenne dans des
eaux à salinité variable. Ceci signifie, d’un point de vue
physiologique, que les animaux sont contraints à supporter
cette variation de salinité qui fluctue non seulement en
fonction du cycle des marées mais aussi en fonction
du débit de la Seine. Le deuxième défi est de supporter
des phases d’immersion et d’émersion dans un régime
macrotidal avec une marée dont le marnage est important
> 8 m à l’embouchure de l’estuaire (Dauvin, 2010).
D’autre part, les animaux vivant dans ces milieux estuariens
macrotidaux sont habitués à vivre dans des milieux
fortement turbides, ainsi qu’à des cycles d’envasement et
d’érosion. Le benthos mais aussi le plancton doivent être
adaptés à ces variations de turbidité qui peuvent être très
fortes. L’expulsion du bouchon vaseux en mer peut être
stressante pour les espèces qui vivent sur le fond, parce
qu’il leur faut s’habituer à ces variations de dépôts et de
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