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Les fleuves et les écoulements superficiels sont à l'origine d'importants
apports de matières organiques et minérales, d'azote, de phosphore, et dans une
moindre mesure, de métaux, de pesticides, de composés industriels tels que les
biphényls polychlorés (PCB) et d'autres substances synthétiques dont on connaît
encore mal les effets.
b) Les matières en suspension minérales et organiques
Les rejets urbains, l’aménagement des fleuves et des rivières, le lessivage
des sols à la suite de déforestation conduisent à des envasements lointains par
transport et étalement des particules fines, par les courants.
Cette pollution physique rend les eaux turbides, ce qui est nettement
préjudiciable à la survie des espèces vivantes marines. En effet, lorsque les eaux
sont troubles, la lumière ne pénètre que sur une faible profondeur : le seuil de la
photosynthèse remonte. La pollution physique générée par les ports de plaisance est
préoccupante car les rejets d'eaux usées en provenance des bateaux ne subissent
aucun traitement. Il est à ce jour impossible d'y réduire la turbidité des eaux. Avec
leur multiplication, ils deviennent une source de pollution de plus en plus
importante.
Dans les horizons les plus superficiels, les actions hydrodynamiques tendent
vers un retour aux conditions initiales par élimination progressive de ces particules
fines, mais une tendance à l'envasement persiste dès que l'hydrodynamisme est
réduit. La diminution de l'énergie lumineuse atteignant le fond aura pour
conséquence une réduction de la production primaire aussi bien celle du
microphytobenthos que celle des Posidonies. L'accumulation des matières
minérales et organiques sur le fond est dangereuse pour les organismes puisque il y
a colmatage du sédiment et consommation d'oxygène, lors de l'oxydation des
matières organiques, pouvant conduire à l'anoxie des fonds et à la destruction des
biocénoses benthiques.
c) Les éléments nutritifs
Dans les conditions naturelles du milieu marin, les éléments nutritifs ne
sont pas des polluants, car ils n'ont aucun effet néfaste direct sur la vie aquatique. Ce
n est qu en cas d excès important que certains composés azotés particuliers (nitrite,
ammoniac) peuvent présenter une toxicité pour les formes supérieures de vie
aquatique telles que les Poissons. Toutefois, ces cas sont rares et, en règle générale,
c est par une nuisance indirecte que se manifestent les éléments nutritifs.
Favorisant le développement de l'échelon primaire de la pyramide
alimentaire, qu il s agisse de phytoplancton dans la couche d'eau ou de microphytes
et macrophytes des fonds sédimentaires et rocheux, les éléments nutritifs en excès
peuvent enrichir le milieu au point d'engendrer d'importantes poussées algales :
c'est le phénomène d'eutrophisation.
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