Dans les sédiments la flore contaminante va subir des évolutions et des remaniements dus
aux conditions d'environnement et aux compétitions de flore. Il faut insister sur le fait que
les entérobactéries et certaines bactéries pathogènes peuvent trouver dans cet environnement
des éléments favorables à leur survie : par exemple, dans la matière organique disponible,
dissoute ou particulaire, il existe des éléments nutritifs assimilables. De plus, on a mis en
évidence la présence d'osmoprotecteurs qui permettent à la bactérie de s'adapter aux
conditions marines (Ghoul et al., 1990 ; Gauthier et Le Rudulier, 1990). Enfin, durant leur
séjour dans le sédiment, les bactéries peuvent acquérir des caractères qu'elles ne possédaient
pas auparavant, tels que la résistance aux métaux lourds ou aux contaminants organiques,
par transfert de matériel génétique.
% Co dans le sédiment
Pourcentage de carbone orgànlque
Figure 3 : Relations entre le pourcentage de carbone organique et les flores bactériennes du sédiment.
Lorsque l'environnement devient trop défavorable à la cellule, celle-ci modifie son
métabolisme ; la mise en évidence des bactéries par des méthodes d’analyse classique est
alors beaucoup plus difficile. La bactérie peut persister et passer inaperçue au travers des
systèmes de détection utilisés en routine ; la figure 3 illustre cette difficulté. Dans les zones
riches en matière organique, la flore "cultivable" (flore hétérotrophe par exemple) représente
environ 1/100 de la flore totale observée par microscopie en épifluorescence ; vers l'aval
(% de carbone organique < 2 %) les bactéries hétérotrophes, mises en évidence par culture,
sont beaucoup moins nombreuses et ne représentent plus que 1/10 000 de la flore totale
observée en épifluorescence ; d'autres types de bactéries peuvent être alors dominants,
comme les bactéries autotrophes utilisant des substrats minéraux pour se développer.
93
aux conditions d'environnement et aux compétitions de flore. Il faut insister sur le fait que
les entérobactéries et certaines bactéries pathogènes peuvent trouver dans cet environnement
des éléments favorables à leur survie : par exemple, dans la matière organique disponible,
dissoute ou particulaire, il existe des éléments nutritifs assimilables. De plus, on a mis en
évidence la présence d'osmoprotecteurs qui permettent à la bactérie de s'adapter aux
conditions marines (Ghoul et al., 1990 ; Gauthier et Le Rudulier, 1990). Enfin, durant leur
séjour dans le sédiment, les bactéries peuvent acquérir des caractères qu'elles ne possédaient
pas auparavant, tels que la résistance aux métaux lourds ou aux contaminants organiques,
par transfert de matériel génétique.
% Co dans le sédiment
Pourcentage de carbone orgànlque
Figure 3 : Relations entre le pourcentage de carbone organique et les flores bactériennes du sédiment.
Lorsque l'environnement devient trop défavorable à la cellule, celle-ci modifie son
métabolisme ; la mise en évidence des bactéries par des méthodes d’analyse classique est
alors beaucoup plus difficile. La bactérie peut persister et passer inaperçue au travers des
systèmes de détection utilisés en routine ; la figure 3 illustre cette difficulté. Dans les zones
riches en matière organique, la flore "cultivable" (flore hétérotrophe par exemple) représente
environ 1/100 de la flore totale observée par microscopie en épifluorescence ; vers l'aval
(% de carbone organique < 2 %) les bactéries hétérotrophes, mises en évidence par culture,
sont beaucoup moins nombreuses et ne représentent plus que 1/10 000 de la flore totale
observée en épifluorescence ; d'autres types de bactéries peuvent être alors dominants,
comme les bactéries autotrophes utilisant des substrats minéraux pour se développer.
93