Matériel et méthodes
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Tableau 3 :Les séquences des amorces des gènes recherchés par PCR (Park et al., 2006)
Gène
Amorce
Taille du
fragment
Température
d’hybridation
Référence
aac (6’)-Ib
Aac(6’)-IbF :
TTGCGATGCTCTATGAGTGGCTA
Aac(6’)-IbR :
CTCGAATGCCTGGCGTGTTT
482pb
94°C /10min
34 cycles :
94°C/45sec
55°C/45sec
72°C/45sec
72°C/10min
Park et al.,
2006
- Recherche du QepA par PCR Simplexe
La recherche du gène QepA a été effectuée dans un volume réactionnel de 12,5µl :
PCR master Mix (2X) (promega)………..……....…..6.25μl
Amorce Qep F ……………………….…...…........…0.25 μl
Amorce Qep R …………………….......……......….0.25μl
H 2 O……………………………………………...…. 3.25μl
ADN…………………………………………..……..2.5µl
Le programme utilisé est : 96°C for 1 min, 30 cycles de 96°C pendant 1 min, 60°C pendant 1
min, et 72°C pendant 1 min. une élongation finale à 72°C pendant 5 min.
Tableau 4: Les séquences des amorces utilisées (Cattoir et al., 2007 ;Yamane et al., 2008)
Gène
Amorce
Taille du fragment
Température
d’hybridation
Primers
Sequence 5’-3’
Taille de l’amplifiat
C°
QnrAm-F
QnrAm-R
AGAGGATTTCTCACGCCAGG
TGCCAGGCACAGATCTTGAC
580pb
54
QnrBm-F
QnrBm-R
GGMATHGAAATTCGCCACTG
TTTGCYGYYCGCCAGTCGAA
264pb
72
QnrSm-F
QnrSm-R
GCAAGTTCATTGAACAGGGT
TCTAAACCGTCGAGTTCGGCG
428pb
72
QEPA-F
QEPA-R
GCA GGT CCA GCAGCG GGT AG
CTT CCT GCC CGAGTA TCG TG
199pb
72