MATERIEL ET METHODES
21
 Conditions des PCR
Les réactions de PCR se sont déroulées selon le programme suivant :
Une étape de dénaturation de 94°C pendant 5min puis 30 cycles de PCR constitué chacun
d’une étape de dénaturation à 94°C/ 30sec, d’hybridation à 55°C / 30sec et d’élongation à
72°C / 30sec. Enfin, une étape d’élongation finale à 72°C / 7min
Tableau 1 : liste des amorces utilisées pour la détermination de la phylogénie d’E.coli
Gène
Séquence d’amorces 5’-3’
Taille
de
l’amplifiat
(pb)
Référence
chuA
ChuA-F : GACGAACCAACGGTCAGGAT
ChuA-R : TGCCGCCAGTACCAAAGACA
279
Clermont et al,
2000
yjaA
YjaA-1 : TGAAGTGTCAGGAGACGCTG
YjaA-2 : ATGGAGAATGCGTTCCTCAAC
211
TSPE4.C2 TspE4C2-1 : GAGTAATGTCGGGGCATTCA
TspE4C2-2 : CGCGCCAACAAAGTATTACG
152
 Technique d’électrophorèse
L’électrophorèse sur gel d’agarose a pour principe la séparation, l’identification et la
purification de l’ADN chargé négativement. La migration de l’ADN dans le gel d’agarose,
soumis à un champ électrique dépend des paramètres suivants: le poids moléculaire, la
concentration d’agarose dans le gel, la conformation de l’ADN, le voltage appliqué et la
composition du tampon d’électrophorèse (Sambrook et al., 1989).
Technique
- préparation d’un gel d’agarose (1,2%) dans du tampon TBE 1X, additionné de
Bromure d’ethidium (0.5μg/ml);