GENERALITE
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La proximité des espèces du genre Escherichia rend souvent difficile le classement des
souches, et ce sont des marqueurs métaboliques qui permettent de différencier les espèces
E. coli, E. albertii et E. fergusonii. Parfois ce sont les divergences de séquences qui
permettent d’affilier les souches à des espèces. Ainsi en 2009 des souches, considérées
comme des E. coli et partageant les différents critères caractéristiques des E. coli, ont
finalement été réassignées dans cinq nouveaux clades (Walk et al. 2009).
Le nombre de souches de E. coli varie d’un individu à un autre est d’une région à une
autre. Il en est de même pour la proportion des différents groupes phylogénétiques.
Elle peut varier du simple au triple entre les différents pays ; de plus on constate qu’elle
n’est pas fixe avec le temps ; ainsi on est passé d’une majorité de souches du groupe
phylogénéitque A en 1980 à une répartition pratiquement uniforme entre les groupes A,
B1, B2 et D en 2000.
Figure 6: Arbre phylogénétique des E. coli (Tenaillon et al. 2010).