GENERALITE
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I.8.1. Les groupes phylogéniques
Les souches d’E. coli peuvent être séparées dans quatre principal groupes phylogénétiques:
A, B1, B2 et D. les groupes A et B1 incluent souvent les germes commensales et groupe
B2, et de moindre ampleur le groupe D, habituellement incluent les souches pathogènes
extra-intestinal (Johnson et al. 2001).
(Clermont et al. 2000) a décrit une simple méthode Basée sur la PCR qui utilise une
combinaison des gènes chuA et yjaA et la fragment d'ADN TSPE4.C2 pour assigner des
souches de E. coli aux groupes phylogénétiques A, B1, B2 et D. Les souches étaient
assignées au groupe phylogénétique B2 (chuA+, yjaA+), D (chuA+, yjaA -), B1 (chuA -,
TSPE4.C2+) ou A (chuA -, TSPE4.C2 -) (Figure 7).
Figure 7: Dichotomie permettant de déterminer le groupe phylogénétique de souches de
E.coli par amplification génique (PCR) ( Clermont et al., 2000).
- le groupe A : est le groupe phylogénétique où se concentre majoritairement les souches
commensales non pathogènes de l’espèce d’E.coli et où le plus faible taux de gènes codant
des facteurs de virulence est recensé (Picard et al, 1999). Par conséquent, la présence des
souches pathogènes au sein de ce groupe n’est pas expliquée par l’existence d’un ancêtre