GENERALITE
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quelques jours dans le réseau de distribution, sans toutefois proliférer (McMath et Holt,
2000). Ils peuvent être répandus dans la terre et l’eau de surface via le fumier et le lisier
utilisés pour fertiliser les champs et les cultures. Les E. coli sont transmis aux autres
animaux par la nourriture contaminée, par la manipulation et par l’eau potable. Ils peuvent
aussi être transmis entre les fermes via les véhicules de transport. L’infection se fait par
voie orale ou, dans le cas des oiseaux, par l’inhalation de poussière contaminée. Les E. coli
d’origine animale peuvent aussi être transmis aux humains par contact direct ou par
ingestion de nourriture ou d’eau contaminées par l’épandage de lisier, ou encore par
ingestion de viande contaminée à l’abattoir (Nougayrède et Oswald. 2011). Chez le
porc, les infections intestinales associées aux ETEC et aux STEC (maladie de l’œdème)
sont souvent contagieuses, la même souche pouvant être retrouvée chez les porcs malades
d’un même lot ou d’un lot à l’autre. Ces souches sont généralement excrétées pour
seulement quelques jours après l’infection, probablement en raison du développement de
l’immunité chez l'animal excréteur. Quant à elles, les infections associées aux ExPEC
n’ont pas le même mécanisme que les maladies transmissibles. Dans un même lot
d’animaux par exemple, différentes souches peuvent être retrouvées chez différents
animaux et des infections mixtes associées à plus d’une souche peuvent affecter certains
autres animaux, sans relation apparente entre la souche ou la combinaison de souches et la
maladie. La microflore fécale est un réservoir pour les infections extraintestinales telles
que les mastites ou l’infection du tractus urinaire. De la même façon, les EPEC sont
généralement retrouvés dans les intestins et les fèces des animaux sains, pouvant toutefois
causer la maladie chez les animaux immuno-déficients (Sylvie, 2010).
I.8. La phylogénie de E.coli
Les capacités d’adaptation sont le résultat de la plasticité génomique des E. coli. En effet
les évènements de mutations, recombinaisons et transfert horizontaux ne sont pas des
événements rares (Touchon et al. 2009; Tenaillon et al. 2010). Ceux-ci interviennent de
façon ponctuelle. Par conséquent il est possible de retrouver l’histoire évolutive des
différentes souches. Les E. coli se répartissent dans quatre groupes phylogénétiques : A,
B1, B2 et D (Tenaillon et al. 2010) (Figure 6).
Ces groupes ne sont pas figés et évoluent en même temps que les connaissances : depuis
peu le groupe D est scindé en un groupe D et un groupe E (Jaureguy et al. 2008).
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quelques jours dans le réseau de distribution, sans toutefois proliférer (McMath et Holt,
2000). Ils peuvent être répandus dans la terre et l’eau de surface via le fumier et le lisier
utilisés pour fertiliser les champs et les cultures. Les E. coli sont transmis aux autres
animaux par la nourriture contaminée, par la manipulation et par l’eau potable. Ils peuvent
aussi être transmis entre les fermes via les véhicules de transport. L’infection se fait par
voie orale ou, dans le cas des oiseaux, par l’inhalation de poussière contaminée. Les E. coli
d’origine animale peuvent aussi être transmis aux humains par contact direct ou par
ingestion de nourriture ou d’eau contaminées par l’épandage de lisier, ou encore par
ingestion de viande contaminée à l’abattoir (Nougayrède et Oswald. 2011). Chez le
porc, les infections intestinales associées aux ETEC et aux STEC (maladie de l’œdème)
sont souvent contagieuses, la même souche pouvant être retrouvée chez les porcs malades
d’un même lot ou d’un lot à l’autre. Ces souches sont généralement excrétées pour
seulement quelques jours après l’infection, probablement en raison du développement de
l’immunité chez l'animal excréteur. Quant à elles, les infections associées aux ExPEC
n’ont pas le même mécanisme que les maladies transmissibles. Dans un même lot
d’animaux par exemple, différentes souches peuvent être retrouvées chez différents
animaux et des infections mixtes associées à plus d’une souche peuvent affecter certains
autres animaux, sans relation apparente entre la souche ou la combinaison de souches et la
maladie. La microflore fécale est un réservoir pour les infections extraintestinales telles
que les mastites ou l’infection du tractus urinaire. De la même façon, les EPEC sont
généralement retrouvés dans les intestins et les fèces des animaux sains, pouvant toutefois
causer la maladie chez les animaux immuno-déficients (Sylvie, 2010).
I.8. La phylogénie de E.coli
Les capacités d’adaptation sont le résultat de la plasticité génomique des E. coli. En effet
les évènements de mutations, recombinaisons et transfert horizontaux ne sont pas des
événements rares (Touchon et al. 2009; Tenaillon et al. 2010). Ceux-ci interviennent de
façon ponctuelle. Par conséquent il est possible de retrouver l’histoire évolutive des
différentes souches. Les E. coli se répartissent dans quatre groupes phylogénétiques : A,
B1, B2 et D (Tenaillon et al. 2010) (Figure 6).
Ces groupes ne sont pas figés et évoluent en même temps que les connaissances : depuis
peu le groupe D est scindé en un groupe D et un groupe E (Jaureguy et al. 2008).