Chapitre Premier : Généralités et Méthodes d’étude
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différentes espèces (S) alors la diversité de la communauté est dans ce cas maximale (H’ =
log(S)).
Le calcul de l’indice de diversité de Shannon Weaver (ISh ou H’) se fait à partir de la formule
basée sur l’abondance (4) ou le poids spécifique (5) et s’exprime en bits (binary digits) :
ISH = − ∑ (
í µí±í µí±
í µí±í µí± í µí±í µí± í µí±í µí± /Q × í µí±í µí± í µí±í µí±í µí±í µí± 2 (í µí±í µí± í µí±í µí± /Q) ...(4)
ISH = − ∑ (
í µí±í µí±
í µí±í µí± í µí±¤í µí±¤ í µí±í µí± /W × í µí±í µí± í µí±í µí±í µí±í µí± 2 (í µí±¤í µí±¤ í µí±í µí± /W) ...(5)
Avec qi : abondance spécifique
Q: effectif total du peuplement considéré
wi : poids spécifique
W: poids total du peuplement considéré
Les valeurs de H’ se situent, quelles que soient les échelles d’observation et les biocénoses, dans
un intervalle assez étroit allant de valeurs inférieures à 1 pour les communautés très peu
diversifiées, à des valeurs de l’ordre de 4,5 ou un peu plus (exceptionnellement 5) pour les plus
diversifiées (FRONTIER, 1999).
2.1.3.1.3. Régularité
L’indice de régularité (E) de PIELOU (1966) permet de comparer la diversité mesurée dans la
population à la valeur maximale que pourrait prendre la diversité (LEGENDRE et LEGENDRE,
1984). On l’obtient en divisant l’indice de diversité de Shannon par le logarithme en base 2 de la
richesse spécifique. Elle tend vers 0 quand la quasi-totalité des effectifs est concentrée sur une
espèce. Par contre, elle tend vers 1 lorsque toutes les espèces ont une même abondance. Une
équitabilité de 0.8 est généralement considérée comme l’indice d’un peuplement équilibré
(DAGET, 1976).
í µí°¸í µí°¸ =
í µí°¼í µí°¼ í µí°¼í µí°¼ℎ (í µí±í µí±í µí±í µí± í µí±í µí±í µí°¼í µí°¼)
í µí±í µí± í µí±í µí±í µí±í µí± 2 í µí±í µí± (í µí±í µí±í µí±í µí± í µí±í µí±í µí°¼í µí°¼)
En pratique, les calculs ont été effectués à l’aide du logiciel R (version 3.0.3) en utilisant les
librairies (Packages) vegan.
2.1.3.1.4. Modèles de distribution d’abondances
L’indice de diversité de Shannon permet de caractériser globalement par un seul nombre l’un
des aspects fondamentaux de la structure d’un peuplement (DAGET, 1976 ; BINET, 1985 et
FRONTIER, 1999).
Une connaissance plus précise de cette structure nécessite celle de la distribution des abondances
spécifiques et l’emploi, pour représenter celle-ci, d’un modèle mathématique approprié. Les
Diagrammes rang-fréquences (D.R.F.) ont été développés afin de décrire l’abondance relative
des espèces, ils utilisent toute l’information contenue dans les communautés et permettent de
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différentes espèces (S) alors la diversité de la communauté est dans ce cas maximale (H’ =
log(S)).
Le calcul de l’indice de diversité de Shannon Weaver (ISh ou H’) se fait à partir de la formule
basée sur l’abondance (4) ou le poids spécifique (5) et s’exprime en bits (binary digits) :
ISH = − ∑ (
í µí±í µí±
í µí±í µí± í µí±í µí± í µí±í µí± /Q × í µí±í µí± í µí±í µí±í µí±í µí± 2 (í µí±í µí± í µí±í µí± /Q) ...(4)
ISH = − ∑ (
í µí±í µí±
í µí±í µí± í µí±¤í µí±¤ í µí±í µí± /W × í µí±í µí± í µí±í µí±í µí±í µí± 2 (í µí±¤í µí±¤ í µí±í µí± /W) ...(5)
Avec qi : abondance spécifique
Q: effectif total du peuplement considéré
wi : poids spécifique
W: poids total du peuplement considéré
Les valeurs de H’ se situent, quelles que soient les échelles d’observation et les biocénoses, dans
un intervalle assez étroit allant de valeurs inférieures à 1 pour les communautés très peu
diversifiées, à des valeurs de l’ordre de 4,5 ou un peu plus (exceptionnellement 5) pour les plus
diversifiées (FRONTIER, 1999).
2.1.3.1.3. Régularité
L’indice de régularité (E) de PIELOU (1966) permet de comparer la diversité mesurée dans la
population à la valeur maximale que pourrait prendre la diversité (LEGENDRE et LEGENDRE,
1984). On l’obtient en divisant l’indice de diversité de Shannon par le logarithme en base 2 de la
richesse spécifique. Elle tend vers 0 quand la quasi-totalité des effectifs est concentrée sur une
espèce. Par contre, elle tend vers 1 lorsque toutes les espèces ont une même abondance. Une
équitabilité de 0.8 est généralement considérée comme l’indice d’un peuplement équilibré
(DAGET, 1976).
í µí°¸í µí°¸ =
í µí°¼í µí°¼ í µí°¼í µí°¼ℎ (í µí±í µí±í µí±í µí± í µí±í µí±í µí°¼í µí°¼)
í µí±í µí± í µí±í µí±í µí±í µí± 2 í µí±í µí± (í µí±í µí±í µí±í µí± í µí±í µí±í µí°¼í µí°¼)
En pratique, les calculs ont été effectués à l’aide du logiciel R (version 3.0.3) en utilisant les
librairies (Packages) vegan.
2.1.3.1.4. Modèles de distribution d’abondances
L’indice de diversité de Shannon permet de caractériser globalement par un seul nombre l’un
des aspects fondamentaux de la structure d’un peuplement (DAGET, 1976 ; BINET, 1985 et
FRONTIER, 1999).
Une connaissance plus précise de cette structure nécessite celle de la distribution des abondances
spécifiques et l’emploi, pour représenter celle-ci, d’un modèle mathématique approprié. Les
Diagrammes rang-fréquences (D.R.F.) ont été développés afin de décrire l’abondance relative
des espèces, ils utilisent toute l’information contenue dans les communautés et permettent de