Liste des figures

 

 

 
Figure 37. Cuve d’électrophorèse contenant la plaque en verre avec le gel. .......................... 96
Figure 38. Représentation schématique du gène codant pour l’ARN 16S. La position des
amorces est indiquée. V1 à V9= régions variables. 1 à 1500 : taille du gène en paires de bases
(modifié de Yang et al., 2016) ................................................................................................ 102
Figure 39. Schéma de la procédure de purification des produits PCR .................................. 103
Figure 40. Schéma du test d’effondrement de la goutte. Le liquide testé (jaune) est mis en
contact avec une goutte de pétrole (bleu). Soit les deux se mélangent (en haut) soit les deux
restent distincts (bas). ............................................................................................................. 109
Figure 41. Taux d’inhibition de la luminescence de la bactérie Vibrio fisheri par les
échantillons de sédiment du port de Sidi Fredj. ..................................................................... 113
Figure 42. Abondance microbienne mesurée par DAPI count, dans les échantillons d’eau. 114
Figure 43. Gel d’électrophorèse des produits PCR de l’amplification de la région V3 à partir
de l’ADN métagénomique des échantillons d’eau et de sédiment (Sed=sédiment, SW=
seawater, C- : Contrôle négatif, M= marqueur de taille 100 bp) ........................................... 115
Figure 44: Diversité bactérienne de l’eau de mer et des sédiments du port de Sidi Fredj. (A)
Dendrogramme d’analyse en grappes montrant la communauté bactérienne des échantillons
d’eau de mer et de sédiment. Le coefficient de Jaccard et l’analyse par 100 bootstrap ont été
utilisés pour mesurer la similarité entre les huit profils la DGGE. (B) Profils DGGE de la
région V3 de l’ARNr 16S amplifiée par PCR à partir d’échantillons d’eau de mer et de
sédiments de surface. Les échantillons Sw5 et sed5 sont manquants. ................................... 117
Figure 45. Gel d’électrophorèse des produits PCR d’ADNr16S des souches sélectionnées (C=Contrôle négatif, M= marqueur de taille 1k bp) .................................................................. 122
Figure 46. Cladogramme basé sur les alignements des séquences 16S des différentes
bactéries. Les distances génétiques sont indiquées à droite. ................................................. 128
Figure 47. Matrice d’identité entre les séquences 16S des bactéries identifiées prises deux à
deux. Xg : Xanthomarina gelatinilytica ; Gh : Gordonia Honghongensis ; Bc : Brevibacterium
celere ; My : Micrococcus yunnanensis ; Ec : Erythrobacter citreus ; La : Labrenzia
aggregata ; Po : Pseudomonas oceani ; Pt : Pseudomonas taiwanensis ; Ab : Alcanivorax
burkomensis ; Ax : Alcanivorax xenomutans ; Ad : Alcanivorax dieselolei ; Hv : Halomonas
venusta ; Mz : Marinobacter zhanjianfensis ; Mh : Marinobacter hydrocarbonoclasticus ;
Mn : Marinobacter nitratireducens. ....................................................................................... 128
Figure 48. Courbes de croissance (DO) des bactéries en présence de pétrole brut pendant 13
jours d’incubation à 30°C ....................................................................................................... 132
Figure 49. Gel d’électrophorèse (1%) des produits PCR de l’alkB des souches sélectionnées
(C+=Contrôle positif, M= marqueur de taille 1k bp) ............................................................. 134
Figure 50. Matrice d’identité (%) des gènes alkB pour les différents isolats ayant produit des
amplicons alkB. ...................................................................................................................... 137
Figure 51. Cladogramme de l’allignement des séquences alkB. La distance génétique est
indiquée à droite. .................................................................................................................... 137
Figure 52. Histogramme montrant le taux de biodégradation (%) des hydrocarbures totaux
par les souches sélectionnées. ................................................................................................ 140