Liste des figures

 

 

 
Figure 18. Biodégradation des cyclo-alcanes non-substitués (Bertrand et Mille, 1989). ....... 64
Figure 19. Voies cataboliques conduisant à la formation de catéchols et de protocatécules
(voies périphériques) (a). Principales voies cataboliques pour la dégradation du phénol (b)
(voies centrales) (Xue et al., 2015). ......................................................................................... 66
Figure 20. Voies de dégradation des hydrocarbures en anaérobiose (Ji et al., 2013). ............ 68
Figure 21. Processus cataboliques de la dégradation anaérobies des hydrocarbures
aromatiques en milieu métangénique (a) et en présence d'accepteurs finaux d'électrons
alternatifs à l'oxygène (b) (Gieg et al., 2014). .......................................................................... 69
Figure 22. Les gènes codant pour des protéines impliquées dans la dégradation des alcanes
chez A. borkumensis SK2 (Schneiker et al., 2006). ................................................................. 71
Figure 23. Représentation schématique du gène codant pour l’ARN ribosomal 16S avec les
régions conservées (bleu), les régions variables (gris) et hypervariable (rouge). .................... 73
Figure 24. Position géographique de la presqu’île de Sidi Fredj…………………………….75
Figure 25. Agencement des bassins du port de Sidi Fredj ...................................................... 76
Figure 26. Carte bathymétrique du port de Sidi Fredj (DTP, 2009) ....................................... 77
Figure 27. Topographie de la Baie de Bou-ismail (Leclaire, 1972). ....................................... 77
Figure 28. Carte sédimentaire de la Baie de Bou-Ismail (LEM, 1998). .................................. 78
Figure 29. Localisation des stations de prélèvement d’eau de mer et de sédiments du port de
Sidi Fredj. ................................................................................................................................. 82
Figure 30. Schéma récapitulatif des différentes étapes pour la mesure de la DCO dans les
différents échantillons d’eau et de sédiment. ........................................................................... 85
Figure 31. Principe du test microtox basé sur la bioluminescence d’ Allivibrio fischeri (ISO
11348-3, ISO,2009) . A. Suite au phénomène de quorum sensing, l’auto-inducteur (HSL)
active la production de la luciférase qui transforme le substrat en produit et en lumière. B. Il
est possible de mesurer la toxicité de substances sur la viabilité de la bactérie par mesure au
luminomètre de l’inhibition de la lumière produite ................................................................. 86
Figure 32. Principe de la technique DGGE. Les ADN des communautés microbiennes sont
extraits des échantillons environnementaux (1). Les gènes d’intérêt sont ensuite amplifiés par
PCR en utilisant une amorce couplée à un GC-clamp qui est une région riche en GC résistante
à la dénaturation (2). Après purification, les produits PCR sont séparés par électrophorèse, en
fonction de leur composition, selon un gradient de dénaturation chimique (3). Les fragments,
correspondant « théoriquement » à une espèce, peuvent être excisés (4) afin d’être séquencés
(5) (Militon, 2012) .................................................................................................................... 89
Figure 33. Positionnement des amorces sur la séquence de l’ADN codant pour l’ARN
ribosomal 16S d’E.coli. ............................................................................................................ 92
Figure 34. Principe de l’électrophorèse en gel d’agarose ....................................................... 93
Figure 35. Calcul de la taille de l’amplicon. A. Relation inverse entre le log de la taille et la
distance de migration. B. Aspect du 100 bp ladder après électrophorèse en gel d’agarose (les
nombres indiquent la taille des bandes en bp) .......................................................................... 94
Figure 36. Images représentant le dispositif de préparation du gradient dénaturant (à gauche)
et les plaques de verre (A droite) ............................................................................................. 95