Chapitre III : Résultats et discussion
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# Ces metadonnéees doivent être enregistrés au format .csv (séparateur : " ;
"), "Taxon.csv", "Abondance.csv" et "poids.csv" dans notre cas.
# Définir un Répertoire de travail, en utilisant la commande suivante :
setwd("C:/Users/DELL/Desktop") # "C:/Users/DELL/Desktop" étant
l'emplacement supposé du dossier de l'application.
# Tout est prêt ! L'application peut être entammée en chargeant d'abord les
packages :
library(lattice)
library(permute)
library(vegan)
# Chargement des données de la classification phylogénétique.
Taxon <- read.table(file="Taxon.csv", dec=",", sep=";", header=T)
# Afficher les données.
Taxon
# Chargement des données des abondances ou des poids.
Abondance <- read.table(file="Abondance.csv", dec=",", sep=";", header=T,
row.nam=1)
Poids <- read.table(file="Poids.csv", dec=",", sep=";", header=T, row.nam=1)
# Afficher les données.
Abondance #ou Poids
# Calcul des distances taxonomiques.
taxdis <- taxa2dist(taxon, varstep=TRUE)
# Calcul des indices de diversité taxonomique.
mod <- taxondive(Abondance, taxdis) # ou mod <- taxondive(Poids, taxdis) pour
les poids
# Afficher le résultat.
mod
# Résumé statistique.
summary(mod)
# Test de l’entonnoir.
plot (mod, cex=1.5, ylim=c(77,85))