Chapitre II : Matériel et méthodes
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Une diminution de la diversité taxonomique pourrait impliquer une augmentation de la
similarité écologique entre les espèces et les individus et pourrait entraîner une perte de la
capacité des peuplements à répondre à des fluctuations environnementales, ce qui pourrait
entraîner ainsi une perte de fonctions écologiques fournissant des biens et des services
écosystémiques (Miranda et al., 2005 in Daoudi, 2013). En effet, une homogénéisation
taxonomique locale pourrait être susceptible d’induire une simplification du réseau trophique
(Olden et al., 2004) du fait que des espèces taxonomiquement proches sont généralement
supposées utiliser des ressources similaires. A l’opposé, plus les espèces seraient
taxonomiquement différentes, et plus le niveau de complexité du réseau trophique serait élevé.
Cela montre l’intérêt d’étudier la diversité taxonomique, notamment de manière quantitative en
considérant des indices intégrant l’information taxonomique.
Trois indices taxonomiques ont été proposés par Warwick et Clarke, ∆ et ∆
* (1995) dont
leur calcul est basé sur des données d’abondance ou de biomasse et ∆
+ (1998) basé sur des
données de présence/absence.
∆, ∆
*
et ∆
+
ont été calculés à partir d’un arbre taxonomique construit sur la base de la
classification phylogénétique en considérant huit niveaux taxonomiques : espèce, genre, famille,
ordre, classe, embranchement, phylum et règne sous le logiciel R, version 4.0.3 (R Core Team,
2020). Les calculs ont été réalisés à partir des listes faunistiques établies sur les trois régions du
bassin algérien (Ouest, Centre et Est).
L’avantage apporté par ces indices étant leur indépendance de l’effort d’échantillonnage
ce qui permet alors de comparer des données issues de différents échantillons (Merigot, 2008 in
Sahraoui, 2013).
• Diversité taxonomique (∆)
Le premier indice à avoir été introduit est ∆ ou diversité taxonomique (Warwick et
Clarke, 1995) :
∆ = 2 ∗
∑ ∑ í µí±¤ í µí±í µí± í µí±¥ í µí± í µí±¥ í µí±
í µí±<í µí±
í µí±(í µí± − 1)
Avec xi (i = 1, ..., S) : abondance de la i
ème
espèce, N (= Σi xi) : nombre total d’individus
dans l’échantillon et wij : distance à parcourir entre l’espèce i et le premier nœud commun avec
l’espèce j dans la classification hiérarchique.
La double somme s’effectue sur toutes les paires d’espèces i et j.
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Une diminution de la diversité taxonomique pourrait impliquer une augmentation de la
similarité écologique entre les espèces et les individus et pourrait entraîner une perte de la
capacité des peuplements à répondre à des fluctuations environnementales, ce qui pourrait
entraîner ainsi une perte de fonctions écologiques fournissant des biens et des services
écosystémiques (Miranda et al., 2005 in Daoudi, 2013). En effet, une homogénéisation
taxonomique locale pourrait être susceptible d’induire une simplification du réseau trophique
(Olden et al., 2004) du fait que des espèces taxonomiquement proches sont généralement
supposées utiliser des ressources similaires. A l’opposé, plus les espèces seraient
taxonomiquement différentes, et plus le niveau de complexité du réseau trophique serait élevé.
Cela montre l’intérêt d’étudier la diversité taxonomique, notamment de manière quantitative en
considérant des indices intégrant l’information taxonomique.
Trois indices taxonomiques ont été proposés par Warwick et Clarke, ∆ et ∆
* (1995) dont
leur calcul est basé sur des données d’abondance ou de biomasse et ∆
+ (1998) basé sur des
données de présence/absence.
∆, ∆
*
et ∆
+
ont été calculés à partir d’un arbre taxonomique construit sur la base de la
classification phylogénétique en considérant huit niveaux taxonomiques : espèce, genre, famille,
ordre, classe, embranchement, phylum et règne sous le logiciel R, version 4.0.3 (R Core Team,
2020). Les calculs ont été réalisés à partir des listes faunistiques établies sur les trois régions du
bassin algérien (Ouest, Centre et Est).
L’avantage apporté par ces indices étant leur indépendance de l’effort d’échantillonnage
ce qui permet alors de comparer des données issues de différents échantillons (Merigot, 2008 in
Sahraoui, 2013).
• Diversité taxonomique (∆)
Le premier indice à avoir été introduit est ∆ ou diversité taxonomique (Warwick et
Clarke, 1995) :
∆ = 2 ∗
∑ ∑ í µí±¤ í µí±í µí± í µí±¥ í µí± í µí±¥ í µí±
í µí±<í µí±
í µí±(í µí± − 1)
Avec xi (i = 1, ..., S) : abondance de la i
ème
espèce, N (= Σi xi) : nombre total d’individus
dans l’échantillon et wij : distance à parcourir entre l’espèce i et le premier nœud commun avec
l’espèce j dans la classification hiérarchique.
La double somme s’effectue sur toutes les paires d’espèces i et j.