Annexe
# https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0121102 # https://cran.rproject.org/web/packages/shapeR/shapeR.pdf
# On doit définir le dossier de travail, mais avant il faut vérfier le dossier actif par la commande
suivante :
getwd()
# Si le dossier de travail n'est pas au bon endroit, on le définit en utilisant la commande suivante:
setwd("C:/ShapeAnalysis")
# "C:/ShapeAnalysis" étant l'emplacement supposé du dossier de
l'application.
# Tout est prêt, on peut commencer l'application en chargeant d'abord le package :
library(shapeR)
# Lire le fichier de données :
shape = shapeR("C:/ShapeAnalysis", "FISH.csv") # Détection des contours :
shape = detect.outline(shape, threshold = 0.2, write.outline.w.org = TRUE) # la valeur du seuil
de détection "threshold" peut être modifiée si le contour de l'otolithe est mal détecté.
# Vérfier si la détection des contours a été réalisée sans problème en examinant visuellement les
images générées dans le dossier
"Original_with_outline". Si le contour d'un otolithe est mal détecté, le seuil doit être changé ou
bien l'image doit être traitée en corrigeant le problème causant la mauvaise détection du contour.
# Si un ou plusieurs contours sont mal détectés, ils doivent être éliminés via la commande :
# remplacer 'folder'
shape = remove.outline(shape,"folder","picname") et 'picname' par leurs valeurs respectives
# Relancer la détection des contours
shape = detect.outline(shape, threshold = 0.2, write.outline.w.org = TRUE) # seuls le/les
contour(s) éliminées seront redétectés.
# On peut afficher un contour bien précis pour examination visuelle après redétection avec la
commande :
show.original.with.outline(shape,"folder","picname")