Annexe
Annexe 1 : Script d’application « shapeR » au logiciel R.
# Pour commencer l'application, il faut d'abord installer le package concerné et installer aussi
tout les packages dépendant en utilisant la commande
"install.packages()" en mettant le nom du package entre les ().
install.packages("shapeR")
# ce package utilise des commandes des packages suivants qu'il
faut installer également : gplots, jpeg, pixmap and wavethresh, ipred
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("gplots")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("jpeg")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("pixmap")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("wavethresh")
# Pour réaliser l'application de l'analyse de forme des otolithes en utilisant le package "ShapeR",
on doit créer un dossier se nommant "ShapeAnalysis" et à l'intérieur ce dernier créer un autre
dossier au nom "Original" et y créer des dossiers au nombre des popoualtions que l'on a si l'on
compare des populations appartenant à une seule espèce ou au nombre d'espèces à comparer. Les
noms des dossiers doivent être composés de deux lettres en majuscule codifiant l'aire de la
population ou l'espèce. A l'intérieur de chaque dossier doivent figurer les photos des otolithes à
analyser qu'il faut nommer suivant le modèle
"101_1; 101_2; 102_1...". Une copie du dossier "Orignal" se nommant "Fixed" est à mettre aussi
dans le même dossier racine. On rajoute également le fichier de données qu'on nomme
"FISH.csv", contenant les métadonnées des otolithes. Modèle du fichier à suivre sur ce lien :
https://github.com/lisalibungan/shapeR/blob/master/ShapeAnalysis/FISH.csv # Deux colonnes
sont obligatoires dans ce fichier : "folder", nom du dossiercontenant l'otolithe' et "picname", nom
de la photo de l'otolithe. La colonne "length_cm", longueur du poisson, est nécessaire pour
pouvoir éliminer l'effet de la croissance allométrique sur la forme de l'otolithe. La colonne "cal"
est nécessaire pour pouvoir extraire les données sur le périmètre, la hauteur, la largeur et la
surface de l'otolithe.
# Davantage d'explication sur la procédure et les différentes commandes du package sont
disponible sur les liens suivants :
Annexe 1 : Script d’application « shapeR » au logiciel R.
# Pour commencer l'application, il faut d'abord installer le package concerné et installer aussi
tout les packages dépendant en utilisant la commande
"install.packages()" en mettant le nom du package entre les ().
install.packages("shapeR")
# ce package utilise des commandes des packages suivants qu'il
faut installer également : gplots, jpeg, pixmap and wavethresh, ipred
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("gplots")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("jpeg")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("pixmap")
# S'installe automatiquement avec shapeR : install.packages("wavethresh")
# Pour réaliser l'application de l'analyse de forme des otolithes en utilisant le package "ShapeR",
on doit créer un dossier se nommant "ShapeAnalysis" et à l'intérieur ce dernier créer un autre
dossier au nom "Original" et y créer des dossiers au nombre des popoualtions que l'on a si l'on
compare des populations appartenant à une seule espèce ou au nombre d'espèces à comparer. Les
noms des dossiers doivent être composés de deux lettres en majuscule codifiant l'aire de la
population ou l'espèce. A l'intérieur de chaque dossier doivent figurer les photos des otolithes à
analyser qu'il faut nommer suivant le modèle
"101_1; 101_2; 102_1...". Une copie du dossier "Orignal" se nommant "Fixed" est à mettre aussi
dans le même dossier racine. On rajoute également le fichier de données qu'on nomme
"FISH.csv", contenant les métadonnées des otolithes. Modèle du fichier à suivre sur ce lien :
https://github.com/lisalibungan/shapeR/blob/master/ShapeAnalysis/FISH.csv # Deux colonnes
sont obligatoires dans ce fichier : "folder", nom du dossiercontenant l'otolithe' et "picname", nom
de la photo de l'otolithe. La colonne "length_cm", longueur du poisson, est nécessaire pour
pouvoir éliminer l'effet de la croissance allométrique sur la forme de l'otolithe. La colonne "cal"
est nécessaire pour pouvoir extraire les données sur le périmètre, la hauteur, la largeur et la
surface de l'otolithe.
# Davantage d'explication sur la procédure et les différentes commandes du package sont
disponible sur les liens suivants :