Contents
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1
1.1
Why Numerical Ecology? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1
1.2
Why R? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2
1.3
Readership and Structure of the Book . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2
1.4
How to Use This Book . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3
1.5
The Data Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4
1.5.1
The Doubs Fish Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5
1.5.2
The Oribatid Mite Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7
1.6
A Quick Reminder About Help Sources . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7
1.7
Now It Is Time. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
2 Exploratory Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.1
Objectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2
Data Exploration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2.1
Data Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2.2
Species Data: First Contact . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2.3
Species Data: A Closer Look . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.2.4
Ecological Data Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.2.5
Environmental Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.3
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3 Association Measures and Matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.1
Objectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2
The Main Categories of Association Measures
(Short Overview) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2.1
Q Mode and R Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
3.2.2
Symmetrical or Asymmetrical Coefficients
in Q Mode: The Double-Zero Problem . . . . . . . . . . . . . 36
3.2.3
Association Measures for Qualitative
or Quantitative Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
3.2.4
To Summarize. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
vii
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.1
Why Numerical Ecology? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.2
Why R? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.3
Readership and Structure of the Book . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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How to Use This Book . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.5
The Data Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4
1.5.1
The Doubs Fish Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5
1.5.2
The Oribatid Mite Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.6
A Quick Reminder About Help Sources . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.7
Now It Is Time. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2 Exploratory Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.1
Objectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2
Data Exploration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2.1
Data Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2.2
Species Data: First Contact . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2.3
Species Data: A Closer Look . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.2.4
Ecological Data Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.2.5
Environmental Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.3
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3 Association Measures and Matrices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.1
Objectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2
The Main Categories of Association Measures
(Short Overview) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.2.1
Q Mode and R Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
3.2.2
Symmetrical or Asymmetrical Coefficients
in Q Mode: The Double-Zero Problem . . . . . . . . . . . . . 36
3.2.3
Association Measures for Qualitative
or Quantitative Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
3.2.4
To Summarize. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
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