Chapitre 6 • Bases théoriques de la phylogénie moléculaire
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6.1.2 Le format Newick d’arbres phylogénétiques
Il existe un format informatique standard d’écriture des arbres phylogénétiques
partagé par tous les programmes actuels, le format Newick (du nom d’une petite
ville de la Nouvelle-Angleterre où ce format a été conçu par quelques chercheurs
réunis autour d’une table). La structure élémentaire d’un arbre, deux groupes frères
A et B, s’écrit (A,B). Si le deuxième groupe contient les deux espèces C et D, on
écrit (A,(C,D)). Ajoutons les longueurs des branches terminales la, lc et ld et de la
branche ancestrale au groupe C+D, lcd, et on obtient :
(A: la,(C: lc,D: ld): lcd);
dans lequel le point-virgule terminal est nécessaire et indique la fin de l’arbre. Ainsi,
l’arbre raciné de la figure 6.1 s’écrit :
(Gallus:.066, (Homo:.011, (Bos:.025, (Mus:.003, Rattus:.011):.012):.002):.038);
Quand à celui de la figure 6.2, c’est :
(Homo:.011,(Bos:.025,(Mus:.003,Rattus:.011):.012):.002,Gallus:.104);
dans lequel une structure ternaire (A,B,C) fonde l’écriture d’un arbre non raciné. Le
format Newick permet aussi d’associer des informations aux branches internes d’un
arbre. Ces informations sont typiquement les valeurs de soutien de bootstrap des
branches (voir chapitre 7). Elles sont placées immédiatement après une parenthèse
fermante, qui marque un groupe d’espèces. Par exemple, l’arbre de la figure 6.2
deviendrait :
(Homo :.011,(Bos:.025,(Mus:.003,Rattus:.011)95:.012)70:.002,Gallus:.104);
pour associer les valeurs 95 et 70 à ses deux branches internes.
Figure 6.2 – Arbre non raciné.
C’est le même arbre que celui de la figure 6.1 sans sa racine.
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6.1.2 Le format Newick d’arbres phylogénétiques
Il existe un format informatique standard d’écriture des arbres phylogénétiques
partagé par tous les programmes actuels, le format Newick (du nom d’une petite
ville de la Nouvelle-Angleterre où ce format a été conçu par quelques chercheurs
réunis autour d’une table). La structure élémentaire d’un arbre, deux groupes frères
A et B, s’écrit (A,B). Si le deuxième groupe contient les deux espèces C et D, on
écrit (A,(C,D)). Ajoutons les longueurs des branches terminales la, lc et ld et de la
branche ancestrale au groupe C+D, lcd, et on obtient :
(A: la,(C: lc,D: ld): lcd);
dans lequel le point-virgule terminal est nécessaire et indique la fin de l’arbre. Ainsi,
l’arbre raciné de la figure 6.1 s’écrit :
(Gallus:.066, (Homo:.011, (Bos:.025, (Mus:.003, Rattus:.011):.012):.002):.038);
Quand à celui de la figure 6.2, c’est :
(Homo:.011,(Bos:.025,(Mus:.003,Rattus:.011):.012):.002,Gallus:.104);
dans lequel une structure ternaire (A,B,C) fonde l’écriture d’un arbre non raciné. Le
format Newick permet aussi d’associer des informations aux branches internes d’un
arbre. Ces informations sont typiquement les valeurs de soutien de bootstrap des
branches (voir chapitre 7). Elles sont placées immédiatement après une parenthèse
fermante, qui marque un groupe d’espèces. Par exemple, l’arbre de la figure 6.2
deviendrait :
(Homo :.011,(Bos:.025,(Mus:.003,Rattus:.011)95:.012)70:.002,Gallus:.104);
pour associer les valeurs 95 et 70 à ses deux branches internes.
Figure 6.2 – Arbre non raciné.
C’est le même arbre que celui de la figure 6.1 sans sa racine.