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4.4 • BLAST
Une méthode idéale présente une spécificité et une sensibilité égales à 1 (les deux
distributions sont alors parfaitement séparées). Malheureusement, les deux variables
varient en sens inverse et les méthodes bioinformatiques font un compromis entre les
deux grandeurs. En général, on peut caractériser la qualité de la méthode grâce à la
courbe de ROC Sensibilité = f(1– spécificité), voir figure 4.14.
L’option -F de BLAST permet de filtrer la faible complexité (voir chapitre 3) en
remplaçant les régions par X. Cette option fixée par défaut dans le programme
BLAST devrait toujours être laissée active.
Figure 4.14 – Courbe de ROC (Receiver Operating Characteristic) :
sensibilité.
La courbe B montre une méthode aléatoire. Une méthode meilleure que le hasard
sera représentée par la courbe A (superposition importante des deux courbes). La
courbe C est obtenue pour une meilleure séparation des deux courbes présentées
dans la figure
: sensibilité
4.13. Se
; Sp : spécificité.